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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgccttgtggatatatgtatttccactgtcatcttaaatatccttattctaccttaccttttggtttctcatgttggacaatttttcattgattggattgggcagGTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCACTAATTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0130g00230.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351049545|gb|FQ429167.1|FQ429167
EST:     CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTAT                         GTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
genomic: CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTATgtaagttgcc ... gattgggcagGTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
EST: gi|110399003|gb|EC965487.1|EC965487
EST:     CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTAT                         GTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
genomic: CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTATgtaagttgcc ... gattgggcagGTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
EST: gi|33402532|gb|CF208159.1|CF208159
EST:     CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTAT                         GTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
genomic: CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTATgtaagttgcc ... gattgggcagGTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
EST: gi|33402509|gb|CF208136.1|CF208136
EST:     CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTAT                         GTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA
genomic: CAGCCATATACCTTGCAAGTATAATAATTGCCTTGTTTTGTGCTCTCTATgtaagttgcc ... gattgggcagGTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accttaccttttggtttctcatgttggacaatttttcattgattggattgggcagGTTCGTAACAAGTTATTGACACTCTTGGCAATCATGTTAGAGTTTGGTGCACTAATTTG
                             aatttttcattgatt  TA-rich tract