1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atgacttccaatgtggtgggcattgtcgacctattattgagagcttcattcatgggaaccacatatcttatactcaaaatcatcttggcttatatcatagGGCAATTTGGGTTGGGTCTATATGCAAAAATCCAACTACATGGCAGCCGAGGTGGTGTACAAGAAAGCCCAAATGATTGATCCAGATGCGAACAAAGCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g05770.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tcattcatgggaaccacatatcttatactcaaaatcatcttggcttatatcatagGGCAATTTGGGTTGGGTCTATATGCAAAAATCCAACTACATGGCAGCCGAGGTGGTGTACAAGAAAGCCCAAATGATTGATCCAGATGCGAACAAAGCTT
atatcttata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgacttccaatgtggtgggcattgtcgacctattattgagagcttcattcatgggaaccacatatcttatactcaaaatcatcttggcttatatcatagGGCAATTTGGGTTGGGTCTATATGCAAAAATCCAACTACATGGCAGCCGAGGTGGTGTACAAGAAAGCCCAAATGATTGATCCAGATGCGAACAAAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - cttccaa
- - - - - - -tggtggg
- - - - - - - - - - cattgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttggct