1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tttgtttataatcaactatcataaagaaacttgtttttaattgatacttgactattgtgaaggaaattgtttagtgattttttatttatttattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCACTCTGGATCGTTCATCTGCGGGTCCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g03790.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|110397988|gb|EC964029.1|EC964029
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|30305880|gb|CB982674.1|CB982674
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|110733074|gb|EE108915.1|EE108915
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|71858858|gb|DT007913.1|DT007913
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|161716900|gb|FC064979.1|FC064979
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|71857444|gb|DT006499.1|DT006499
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|294967254|gb|GW840129.1|GW840129
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAACCTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTEST: gi|71864238|gb|DT013293.1|DT013293
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGT
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|110688710|gb|EE067574.1|EE067574
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|30130655|gb|CB915994.1|CB915994
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGTCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|71861252|gb|DT010307.1|DT010307
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGTCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|71856468|gb|DT005523.1|DT005523
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCEST: gi|37187335|gb|CF606688.1|CF606688
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGTCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAEST: gi|161713591|gb|FC062524.1|FC062524
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAA
EST: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
acttgactattgtgaaggaaattgtttagtgattttttatttatttattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCACTCTGGATCGTTCATCTGCGGGTCCA
acttgac putative branch site (score: 4)
ttttttatttattt putative PPT
aaggaaattgtttagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgtttataatcaactatcataaagaaacttgtttttaattgatacttgactattgtgaaggaaattgtttagtgattttttatttatttattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATCACTCTGGATCGTTCATCTGCGGGTCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaggaaa