Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtgctgcagttataaaacccattttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGATTTAAAATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g02990.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g02990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G58170.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtatgtgt-gctgcagttataaaacccat-tttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggat------tgattttgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGATTTAAAATG
|||| |        | || | | ||  || ||||    | | ||     |  | ||      || |         |  ||  |||  ||||||||||||||||| | ||||||||| | || |||||||| ||||| || ||||||| |
gtatttaccagaatatttgtgatacttatattttatcatttgctcacagacgctattgttactgaacattttgcaaggtttctatgtagGGCAATGATATGGATTCATCAAGGGGATTTCTCTCAGGAACCATGGACCGCTTTAAAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110368599|gb|EC932587.1|EC932587
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|34549774|gb|CF518006.1|CF518006
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|30306129|gb|CB982923.1|CB982923
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110371595|gb|EC935706.1|EC935706
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|29782805|gb|CB348441.2|CB348441
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110708420|gb|EE085941.1|EE085941
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110405426|gb|EC970967.1|EC970967
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|30306203|gb|CB982997.1|CB982997
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|71878443|gb|DT027498.1|DT027498
EST:     GGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|34550262|gb|CF518480.1|CF518480
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110724887|gb|EE101110.1|EE101110
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110378284|gb|EC943408.1|EC943408
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|28969494|gb|CB348527.1|CB348527
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGATTTAAAATG
                                    gattgat  putative branch site (score: 4)
                                          ttttgtt  CT-rich tract
                                     attgattttgttatta  TA-rich tract