Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggctatggcttcagccccttgcatttaggggcatttctataagcatttaggggcatttctataaatggattatgaacttgaaagtttttttcttggtgttttacattattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCCACCTTCTTGAGCTACATTCAAGTAAATGGCCAGACCCTTGGGGCTGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g00740.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349828703|gb|FQ418438.1|FQ418438
EST:     GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|351029054|gb|FQ435254.1|FQ435254
EST:     GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAA                         GAATAAGTTGCTGTGGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAACCACCAAGAAAC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGA-TGAGTTGCTGTGGGG-TGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACC
EST: gi|77586578|gb|DV222413.1|DV222413
EST:     TTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: TTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|161715260|gb|FC065809.1|FC065809
EST:     GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|156739183|gb|EV243304.1|EV243304
EST:     GATTGAAAAAATATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|110700767|gb|EE077711.1|EE077711
EST:     GATTGAAAAAATATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAN                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|110687298|gb|EE064584.1|EE064584
EST:     GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|71874084|gb|DT023139.1|DT023139
EST:     TTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: TTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|351043975|gb|FQ431406.1|FQ431406
EST:     GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|110701944|gb|EE080092.1|EE080092
EST:     GATTGAAAAAATATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
EST: gi|71877408|gb|DT026463.1|DT026463
EST:     GATTGAAAAAATATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAG                         GATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC
genomic: GATTGAAAAACTATGTGTGCCCCTTCTATTGCTCTTATTCTGGTTATCAGgtaaggctat ... attattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tataaatggattatgaacttgaaagtttttttcttggtgttttacattattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCCACCTTCTTGAGCTACATTCAAGTAAATGGCCAGACCCTTGGGGCTGATG
                                       ttttacattattgaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaggctatggcttcagccccttgcatttaggggcatttctataagcatttaggggcatttctataaatggattatgaacttgaaagtttttttcttggtgttttacattattgaagGATGAGTTGCTGTGGGGTGCTGCATGGTTGCACAAAGCCACCAGGAACCCCACCTTCTTGAGCTACATTCAAGTAAATGGCCAGACCCTTGGGGCTGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT