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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actatccaaatttgtaacagtaaataaaaggaagcatgaaaatattagtacagtgttatctgaagcccctctcctaagaaaccaaacccctaattgtcagTTAAAGAAAAACAACTCTGAGATGCATGCTCTGGTTTCAAGATCCTTTGTTAACCATCAGAAAACTAATGATTCTGCTGGAATTATTGAGAGTGAGCCTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g00220.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagtacagtgttatctgaagcccctctcctaagaaaccaaacccctaattgtcagTTAAAGAAAAACAACTCTGAGATGCATGCTCTGGTTTCAAGATCCTTTGTTAACCATCAGAAAACTAATGATTCTGCTGGAATTATTGAGAGTGAGCCTT
                                          ccctaat  putative branch site (score: 3)
                                         cccct  CT-rich tract
                             taagaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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actatccaaatttgtaacagtaaataaaaggaagcatgaaaatattagtacagtgttatctgaagcccctctcctaagaaaccaaacccctaattgtcagTTAAAGAAAAACAACTCTGAGATGCATGCTCTGGTTTCAAGATCCTTTGTTAACCATCAGAAAACTAATGATTCTGCTGGAATTATTGAGAGTGAGCCTT

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- -atccaaa
- - - - - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - -ggaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaacc