1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgagattattgttgttttgcttttcagcttgttttattattttcaagttttatttcactgcactgtctcatgcatttttctgaaactgacttgcagGATAAGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAGCACAAATTGGGGTTGTCAATGCCTTTAGATGAAGCAAATGAAAGAGCTGCTCAGCTTGAATCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0080g00010.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATTCTGTCAAGATGAAATTGTTTTGTATCGGCAGTGTGCTGAAAAAAGG GATAGGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAACACAAATTGGGGTTGEST: gi|294964002|gb|GW836877.1|GW836877
genomic: CATTCTGCCAAGATGAGATTGTTTTGTATCGGCAGTGTGCTGAAAAAAGGgtgagattat ... tgacttgcagGATAAGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAGCACAAATTGGGGTTG
EST: CATTCTGTCAAGATGAAATTGTTTTGTATCGGCAGTGTGCTGAAAAAAGG GATAAGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAGCACAAATTGGGGTTG
genomic: CATTCTGCCAAGATGAGATTGTTTTGTATCGGCAGTGTGCTGAAAAAAGGgtgagattat ... tgacttgcagGATAAGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAGCACAAATTGGGGTTG
ttcaagttttatttcactgcactgtctcatgcatttttctgaaactgacttgcagGATAAGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAGCACAAATTGGGGTTGTCAATGCCTTTAGATGAAGCAAATGAAAGAGCTGCTCAGCTTGAATCAG
aactgac putative branch site (score: 2)
ttttatttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagattattgttgttttgcttttcagcttgttttattattttcaagttttatttcactgcactgtctcatgcatttttctgaaactgacttgcagGATAAGGAATTAAGGAAACGACTTCAAGATAGTGAGCACAAATTGGGGTTGTCAATGCCTTTAGATGAAGCAAATGAAAGAGCTGCTCAGCTTGAATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT