Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattttttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g01120.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgt-gtatcatacatccttctcatttttattttttttcattgtttac-agCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
                   ||          | ||   || | |||  |  | |  |  |||   |    | |  ||||| |   || || |||||| || || || |||| ||| |||||||| |||||||| || || || |||||||| || |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||
-----------------gtgagtgcagtaacttttgttattcatgtcattacctgaacactttgtaaccgtgtgctttttgagctttaaccagCTGAAGGAGCAGAAAATGGCCTTGAGTTCACAATTGTGAGACCTTTCAATTGGATTGGACCAAGAATGGACTTTATTCCTGGTGTTGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G167872_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattttttttcattgttta-----cagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
|| |||  | |      | |  |||| |   |  | || | | ||| | | | || || ||    ||||| |  ||||   |||  ||     ||||||||||||| || |||| ||| || ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||
gtcagtagagtaaaattttgcactgtgccgctgatggccttcttgt-tctaacacttcttttatgtttttgtcattttgatttgagtatctgccagCTGAGGGTGCAGAAAATGGCCTTGAATTCACAATCGTGAGACCTTTTAATTGGATTGGGCCAAGGATGGATTTCATTCCTGGTGTCGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattt-tttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
    ||||  |||    |   | |||     | ||    |   | |   |  |  ||  |  | ||| | | |  | | | ||| ||  |||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
----gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA11G19550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgttt---cttagcatgcgtgtgtatcataca-tccttctcatttttattt-tttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
             |   | ||| ||||  |||    || |  |  || | | || | || |  |  | ||| ||| |  | | | ||  |   |||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||
------------gtgagttgatttgtattttttgttttggtgtatgtttttttctttcaattttgataattcttactagtgtgtgatcatcggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTAAGGCCATTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGGATTGATGGTCCAAGTGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctc---atttttatttttttt------cattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
|||||   | |||    | | | |  |  |||  | || | |     |  |||   | | | ||   |  ||| | |   |       |||||||  |||||||||||||||| |||| | | || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||
gtgagctgattttgt--ttggttta-attttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA17G05440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtgagtgaact-tttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttatttttttt-cattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
    |||| ||  ||   |     |  |  |||  | ||||       |  |||   |    ||   | | | |    |  |||||||  |||||||||||||||| |||| | | || ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||
----gtgagctgcttttgtttggtttaattttttattgcatatactgtttccatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGACCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGTCCAAGTGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G08200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattttttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
  |  || | |||||   |       |  ||| ||    |   |    | || | |   ||||||  |   |||||| |  |||    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || || || ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||
--gtatgtagttttcttacacgaaagaaattttttg---tttctagaca-caaaaaagtttctcacgtcacttttttctggttg----cagCTGAGGGTGCTGAGAATGGACTCGAGTTCACCATTGTAAGACCATTCAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT2G27860.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattttttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
    || | | ||||  |  |     | |||  | |  |     |  |    ||||     || |  || | || |||    ||   ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||  | || |||||||||||||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||||||
----gtaagcatttctgtttaagatgatgttggtaaaaacaaaaggtt----taca-----cttaacttcacttgtttcttgtg---acagCTGAGGGTGCTGAGAATGGGCTTGAGTTCACCATCGTACGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCCGGCATTGATGGTCCTAGCGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110723599|gb|EE101093.1|EE101093
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTANAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTTACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110720316|gb|EE096132.1|EE096132
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAAAGTTCACCAT-GTGAGGCC-TTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110723284|gb|EE100418.1|EE100418
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTANAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110726996|gb|EE103281.1|EE103281
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGGGCCCGAGAATGACCTANAGTTCACCATTGTGAAGCCCTTTTAC
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCT-GAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAAC
EST: gi|161706361|gb|FC057565.1|FC057565
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110405386|gb|EC970927.1|EC970927
EST:     GCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71884664|gb|DT033719.1|DT033719
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|77584429|gb|DV221284.1|DV221284
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCT
EST: gi|33401793|gb|CF207420.1|CF207420
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71882410|gb|DT031465.1|DT031465
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110685692|gb|EE062633.1|EE062633
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71858870|gb|DT007925.1|DT007925
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71872337|gb|DT021392.1|DT021392
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGT-GATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCT
EST: gi|110713549|gb|EE089565.1|EE089565
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|33402259|gb|CF207886.1|CF207886
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71868252|gb|DT017307.1|DT017307
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|349828491|gb|FQ417233.1|FQ417233
EST:     CCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: CCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71884313|gb|DT033368.1|DT033368
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAA-T
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|33404942|gb|CF210569.1|CF210569
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110420047|gb|EC986308.1|EC986308
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71890357|gb|DT039412.1|DT039412
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAA-T
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|37187419|gb|CF606772.1|CF606772
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|110371215|gb|EC935056.1|EC935056
EST:     AGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: AGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71888796|gb|DT037851.1|DT037851
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
EST: gi|71885129|gb|DT034184.1|DT034184
EST:     GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATG                         CTGAGGGTGCCGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaac ... ttgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattttttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA
                    tccttctcatttttat  CT-rich tract
                       ttctcatttttatttt  TA-rich tract