1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tgatgagatgcacctttcactgctgtctgttacattctttttggattatcatatccctactctaatatgtcttattggtctgtttggttctgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g07380.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCTAAGCTTGAGAGAA-ACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAG-TTTCAG CTTTGAAGATG-ACTCA-GCTGGTCAAEST: gi|110361598|gb|EC925084.1|EC925084
genomic: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAGgtgtgccatg ... tgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAA
EST: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAG CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGEST: gi|110687429|gb|EE064834.1|EE064834
genomic: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAGgtgtgccatg ... tgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
EST: CGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAG CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGEST: gi|30128526|gb|CB913865.1|CB913865
genomic: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAGgtgtgccatg ... tgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
EST: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAG CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGEST: gi|161713818|gb|FC063453.1|FC063453
genomic: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAGgtgtgccatg ... tgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
EST: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAG CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAAGCA-TGCAGEST: gi|71872032|gb|DT021087.1|DT021087
genomic: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAGgtgtgccatg ... tgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAA-GCAATGCAG
EST: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAG CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
genomic: GGTCTAAGCTTGGGAGAATACACTGCTTTAGCATTTGCTGGAGCTTTCAGgtgtgccatg ... tgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
ttatcatatccctactctaatatgtcttattggtctgtttggttctgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
ctctaat putative branch site (score: 3)
ttctgtttt putative PPT
taatatgtcttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgatgagatgcacctttcactgctgtctgttacattctttttggattatcatatccctactctaatatgtcttattggtctgtttggttctgttttaaagCTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - tgcacct
- - - - - - - - - actgctg
- - - - - - - - - - - - - ctgttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgg