1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttacttgagttgaatgcttaccaccttgcagctcttgacatgttcatttgtaagccgtttaaatagtgagtttctgatgggtattggcttgtatttgcagTGCCATGGAAGAGACTGTTGCAATCCTGGAGCGGCACTCTCTAATGCCTGAGGCAGCAGCTGCTTAAAACGGTGATTCAAAACCATATGTTGCCGTCCCC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g02920.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGGTGGACCTCTCCAGGTTAGGGAAGTACAAGATCCTTAGACCGGGGAG TGCCATGGAAGAGACTGTTGCAATCCTGGAGCGGCACTCTCTAATGCCTGA
genomic: GTGGTGGACCTCTCCAGGTTAGGGAAGTACAAGATCCTTAGACCAGGGAGgtaagcattc ... gtatttgcagTGCCATGGAAGAGACTGTTGCAATCCTGGAGCGGCACTCTCTAATGCCTGA
atttgtaagccgtttaaatagtgagtttctgatgggtattggcttgtatttgcagTGCCATGGAAGAGACTGTTGCAATCCTGGAGCGGCACTCTCTAATGCCTGAGGCAGCAGCTGCTTAAAACGGTGATTCAAAACCATATGTTGCCGTCCCC
ttctgat putative branch site (score: 3)
tttaaatagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttacttgagttgaatgcttaccaccttgcagctcttgacatgttcatttgtaagccgtttaaatagtgagtttctgatgggtattggcttgtatttgcagTGCCATGGAAGAGACTGTTGCAATCCTGGAGCGGCACTCTCTAATGCCTGAGGCAGCAGCTGCTTAAAACGGTGATTCAAAACCATATGTTGCCGTCCCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - -gaatgct
- - - - - - - - - - ccacctt
- - - - - - - - - - - - - - cagctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatggg