Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatttttatgatatacctctgtttccaccacattcattaagcatgtactctggcatagtgtctttgttatttctcttttgcttatgtcctaacaacatggttcacagGTTGGTGGCAAATGCACTAGATGCTACTTTCACAAAGGGTGATGCTATTGCAATTGACATGCCGATGACAGTCTATGCAGTTATTATATATTTGGCAATT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g00740.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g00740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G29030.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgatttttatgatatacctctgtttccaccacattcattaagcatgtactctggcatagtgtctttgttatttctcttttgcttatgtcctaacaacatggttcacagGTTGGTGGCAAATGCACTAGATGCTACTTTCACAAAGGGTGATGCTATTGCAATTGACATGCCGATGACAGTCTATGCAGTTATTATATATTTGGCAATT
         || ||||||  || ||||||  ||   |||  ||    |||  |     |||   |  || || ||| ||||||  |  |||  |  | | ||  ||  ||||||||| || || ||| ||||||| || ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||| | |||| || || || ||||| || |||
--------attttgatat-tctttgtttcggcccttttc-ctacttgtgtcttactttatatgatgattttt-tttttcttttcttcctgttgttgccatattatttccagGTTGGTAGCCAAAGCAATAGATGCCACATTCTCAAGGGGAGATGCAATTGCAATTGACATGCAAATGACAGCCAATGCCGTAATAATCTATTTAGCCATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatagtgtctttgttatttctcttttgcttatgtcctaacaacatggttcacagGTTGGTGGCAAATGCACTAGATGCTACTTTCACAAAGGGTGATGCTATTGCAATTGACATGCCGATGACAGTCTATGCAGTTATTATATATTTGGCAATT
                                  tcctaac  putative branch site (score: 1)
          tttgttattt  TA-rich tract