Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaagtttctttggctttggttggaaaaaaagttaattttgtttgatacctctatgtatatatgcgttcttcttaaaactaatggtaagagatacccactatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATGGGCCTATTTGAAAAGCGTCGGGCTCGCAAATTCTTTATTTTTGTTCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0094g01550.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G30140.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgaagtttctttggctttggttggaaaaaaagttaattttgtttgatacctctatgtatatatgcgttcttcttaaaactaatggtaagagatacccactatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATGGGCCTATTTGAAAAGCGTCGGGCTCGCAAATTCTTTATTTTTGTTCAAG
     || |  || |  || ||  |        |||  ||  |  ||    ||| |   | ||   |||    ||||   |  |  |      |      |   | ||||||| |||||||| || |||||  |||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || |||| ||| ||| 
-----gtattgtttgtgttagt--gttgctcgtttatcttaatgggaggtttcttttggtttagatgtt----ttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATGGGGCTATTTGAAAAACGCCGGGCACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110707813|gb|EE084638.1|EE084638
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110700674|gb|EE077534.1|EE077534
EST:     AAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: AAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110732501|gb|EE107845.1|EE107845
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|27584731|gb|CB007426.1|CB007426
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAATGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110687677|gb|EE065357.1|EE065357
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110724401|gb|EE100197.1|EE100197
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110685725|gb|EE062694.1|EE062694
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110687369|gb|EE064718.1|EE064718
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110701029|gb|EE078211.1|EE078211
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110687516|gb|EE065012.1|EE065012
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|161719051|gb|FC065697.1|FC065697
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|71873208|gb|DT022263.1|DT022263
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|161715281|gb|FC064588.1|FC064588
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
EST: gi|110690999|gb|EE068597.1|EE068597
EST:     ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG
genomic: ATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttc ... actatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtatatatgcgttcttcttaaaactaatggtaagagatacccactatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATGGGCCTATTTGAAAAGCGTCGGGCTCGCAAATTCTTTATTTTTGTTCAAG
                        aactaat  putative branch site (score: 2)
                 ttcttaaaactaat  TA-rich tract