Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcatttcattgccttcatactatttgcgtcaaacttaaaggcaactttttagttatgtgttgattttctgtgcagCTCTTTGGGCGCCCACAGTGGCTCACTGTCAAATGGCGCTCTCATTATTATGTTAATAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0049g01650.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0049g01650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
------------------------------gttcatttcat-tgccttcatactatttgcgtcaaacttaaaggcaactttttagttatgtgttgattttctgtgcagCTCTTTGGGCGCCCACAGTGGCTCACTGTCAAATGGCGCTCTCATTATTATGTTAATAAG
                                |  |  ||| |    |  | ||||   |   | |  |||||   |||| ||  ||   |  ||||  ||| |||||||||||||  | ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||   |||||||||||||
gtagtagcacaattgaatcttttccagatttatagtggcatataatctagttctataatccaaataactaaagattacttattgattccct--tgatcctctctgcagCTCTTTGGCAGACCACAGTGGCTAACTGTAAGATGGCGCTCACAAACTTATGTTAATAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttgcgtcaaacttaaaggcaactttttagttatgtgttgattttctgtgcagCTCTTTGGGCGCCCACAGTGGCTCACTGTCAAATGGCGCTCTCATTATTATGTTAATAAG
                                     tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                           ttttctgt  CT-rich tract
                      aactttttagttat  TA-rich tract