Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttggtattgttcatgcttcacattgtttttcagatttcaccttttttgaggatcacagccttttcaagcaatttgctaaatttttgtttaatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGATCTTTGCCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g05020.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110695697|gb|EE074010.1|EE074010
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110724001|gb|EE099447.1|EE099447
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110395970|gb|EC961644.1|EC961644
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110723317|gb|EE100491.1|EE100491
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110370561|gb|EC930011.1|EC930011
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110703623|gb|EE080641.1|EE080641
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110724830|gb|EE101011.1|EE101011
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110718100|gb|EE094549.1|EE094549
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|37184373|gb|CF603727.1|CF603727
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|29783439|gb|CB349598.2|CB349598
EST:     TGGGACACTGCTGGGCATGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110722837|gb|EE099459.1|EE099459
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110697462|gb|EE074469.1|EE074469
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|110399139|gb|EC965632.1|EC965632
EST:     TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: TGGGACACTGCTGGGCAGGAGAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
EST: gi|29782694|gb|CB348226.2|CB348226
EST:     GAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTA                         CATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC
genomic: GAAGTTTGGTGGTCTTAGAGATGGATATTAgtaagtaatt ... taatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgaggatcacagccttttcaagcaatttgctaaatttttgtttaatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGATCTTTGCCG
                                     tttttgttt  CT-rich tract
                          aatttgctaaattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atttggtattgttcatgcttcacattgtttttcagatttcaccttttttgaggatcacagccttttcaagcaatttgctaaatttttgtttaatgtgcagCATCCATGGGCAATGTGCCATTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGATCTTTGCCG

- - - - - - tcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaagca