Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtctatagagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g01750.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
----------------gtttgtctatagagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
                      || ||  | ||| | ||  ||| |   | |||| ||||    | |||      ||  ||| |  | | |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| || |||||| | ||||||||    || ||||
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctattt-atgtattgatttg------ctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

upper sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
---------------------gtttgtctatagagctttccat-gttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
                     ||    | ||  |  |||   | |   || |     || |    |    |  |  | || |   | | | ||||  |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||    |||||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttct-tagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------------------gtttgtc---tatagagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
                          | ||||    | | | |||| ||  ||||  | ||  |||  |||  |    |            | | |      |||||||||||||| || ||||| |||||    ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    ||||| || |||||||| |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactttaca-attttttttta--attaaatgcaaatgatctcgttgct--gtatgttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ31038 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtttgtctata-gagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
    || |  | || || ||    ||||  |||      ||| ||    | ||    | ||    |||  ||   ||||| |||||||| || |||||||| || || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||    || || || || | ||| |
----gtatggacgaactctcggcattttgctct------tcaggttgtaactt---tattcctggctccttt---cagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATCG

upper sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ34304 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtttgtctata-gagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
    || |  | || || ||    ||||  |||      ||| ||    | ||    | ||    |||  ||   ||||| |||||||| || |||||||| || || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||    || || || || | |||||
----gtatggacgaactctcggcattttgctct------tcaggttgtaactt---cattcctggctccttt---cagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

upper sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ34676 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtttgtctata-gagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
    || |  | || || ||    ||||  |||      ||| ||    | ||    | ||    |||  ||   ||||| |||||||| || |||||||| || || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||    || || || || | |||||
----gtatggacgaactctcggcattttgctct------tcaggttgtaactt---tattcctggctccttt---cagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71866153|gb|DT015208.1|DT015208
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|30295730|gb|CB972524.1|CB972524
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|32247633|gb|CD713452.1|CD713452
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|32270022|gb|CD719181.1|CD719181
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|33401617|gb|CF207244.1|CF207244
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|30301307|gb|CB978101.1|CB978101
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|110728527|gb|EE104173.1|EE104173
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|352773252|gb|FQ470839.1|FQ470839
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|110690223|gb|EE067133.1|EE067133
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|110732469|gb|EE107785.1|EE107785
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|32269891|gb|CD719050.1|CD719050
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|110688348|gb|EE066796.1|EE066796
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|77578758|gb|DV218182.1|DV218182
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|27582088|gb|CB004783.1|CB004783
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|110709636|gb|EE085271.1|EE085271
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|32272105|gb|CD721264.1|CD721264
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|30253062|gb|CB970613.1|CB970613
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|27586377|gb|CB009072.1|CB009072
EST:     TGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAACTCAATGAAGTTT
genomic: TGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|352782408|gb|FQ470311.1|FQ470311
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|32245818|gb|CD711637.1|CD711637
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|30326710|gb|CD009972.1|CD009972
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
EST: gi|32460064|gb|CD801238.1|CD801238
EST:     AGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGT
genomic: AGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGA--GTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGT
EST: gi|110708853|gb|EE086870.1|EE086870
EST:     GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctat ... tcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG
                                   atctaat  putative branch site (score: 3)
                                    tctaatctctcttct  CT-rich tract
                                aaaatctaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtctatagagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC