Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatatatatgtcaactgtcactttcgctcacttttttttgccattataattttctaatatttagtgctaactgatttaccctttttttcctcctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0097g00590.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56409330|gb|CX017582.1|CX017582
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGCGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
EST: gi|110687534|gb|EE065054.1|EE065054
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
EST: gi|110730004|gb|EE106584.1|EE106584
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
EST: gi|352765106|gb|FQ465803.1|FQ465803
EST:     AGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCCTGAAGGCAAATGCTCAG                         CTTACAAGTGAGCCACGTATGGCACA
genomic: AGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTC-TGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACA
EST: gi|110376048|gb|EC941087.1|EC941087
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
EST: gi|110698670|gb|EE076432.1|EE076432
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
EST: gi|110686396|gb|EE063988.1|EE063988
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGCGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
EST: gi|351046106|gb|FQ442484.1|FQ442484
EST:     GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAG                         CTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
genomic: GAGTGAAGTGTGATTTGACTGAAAATCTCACTCTGAAGGCTAATGCTCAGgtaatatata ... cctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattttctaatatttagtgctaactgatttaccctttttttcctcctttttcagCTTACAAGTGAGCCACATATGTCACATGGCATGGTTAATTTTGATTACAAG
                        ctgatttacccttttt  CT-rich tract
     ttctaatatttagt  TA-rich tract