Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttgacatccttattatttgattgcagatctccctcttttcctttgtgtacatcactctctggtgtgcttaatgattcccattgcaatatcagGATTCCTGATGAAATCTCATTGGAAGCCAATGGTGTTTCTGCTACTTATGAAGGTGATCTTCAAAACATTGATAACCCTCAGGAACATTTGTTTGGCACA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0091g01190.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351027956|gb|FQ425857.1|FQ425857
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
EST: gi|352794343|gb|FQ481574.1|FQ481574
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
EST: gi|110409686|gb|EC975355.1|EC975355
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
EST: gi|351023983|gb|FQ423406.1|FQ423406
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
EST: gi|30324516|gb|CD007778.1|CD007778
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
EST: gi|351016631|gb|FQ424058.1|FQ424058
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
EST: gi|349829589|gb|FQ421107.1|FQ421107
EST:     GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG
genomic: GAAAATTCTTCTGTTTCCTCTATTCATGAGAGAGATGGCATGGATGATGGAGTTCTTCATGCAGACATGGATGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcctttgtgtacatcactctctggtgtgcttaatgattcccattgcaatatcagGATTCCTGATGAAATCTCATTGGAAGCCAATGGTGTTTCTGCTACTTATGAAGGTGATCTTCAAAACATTGATAACCCTCAGGAACATTTGTTTGGCACA
                            gcttaat  putative branch site (score: 4)
                              ttaatgatt  TA-rich tract