Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g04270.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA
                  ||    |    | |  |    || ||  |     |||    | || ||   ||||  |   |||   |    |  | | |||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||| ||| | | |||| | || ||||| |||||||| || || ||||| || || || ||||||||||| ||||
------------------gtaccatgttttgtccccac-ttgttggtagggttatccctagatgatg--atttccc---ttatgctc---tctcctttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA

upper sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA06G47830.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA
                    | |||   | ||||||   ||||  |||| |  ||||      ||| ||   |    |||  ||| |    |   ||      |||||||| ||||||||   ||||||||| | |||  |||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||
---------------gtcactattttgccaatttctcccttatatttttgttcatga------aatttctactggttgatagaatatagacgctgtaa-----cagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAAGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATCAAAGAGGATCCATCTCTGA

upper sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA
                    | |||   | ||||||   ||||  |||| | | | || ||||  |   | |  | | ||  ||| |   ||   ||| |   |||||||||||||||||   ||||||||| | |||  |||||||| || | || ||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||  |||
---------------gtcactattttgccaatttctcccttatatttttttttttcatgaaat--ttctactggtta-atagaatatagatgctgtatatca-cagGATCCATCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAAGACCAGCTTGAAGAAAGAATGACACGCATCAAGGAGGATCCATCTCTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053857|gb|FQ441623.1|FQ441623
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351024599|gb|FQ433014.1|FQ433014
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110399605|gb|EC966118.1|EC966118
EST:     GTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: GTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110691438|gb|EE069540.1|EE069540
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110688588|gb|EE067308.1|EE067308
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349809714|gb|FQ398289.1|FQ398289
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351051707|gb|FQ449521.1|FQ449521
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351036758|gb|FQ457471.1|FQ457471
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351029853|gb|FQ427693.1|FQ427693
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349826867|gb|FQ418958.1|FQ418958
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349823637|gb|FQ415047.1|FQ415047
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351018982|gb|FQ426481.1|FQ426481
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351037169|gb|FQ457002.1|FQ457002
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|229418802|gb|GO653039.1|GO653039
EST:     TAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGGGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: TAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349816944|gb|FQ405070.1|FQ405070
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|352794442|gb|FQ481674.1|FQ481674
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|352798610|gb|FQ480635.1|FQ480635
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|294966324|gb|GW837575.1|GW837575
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351032955|gb|FQ461844.1|FQ461844
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110717421|gb|EE093265.1|EE093265
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|161718923|gb|FC066375.1|FC066375
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|352794135|gb|FQ479377.1|FQ479377
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110690438|gb|EE067537.1|EE067537
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349815598|gb|FQ400754.1|FQ400754
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351022363|gb|FQ445138.1|FQ445138
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110394240|gb|EC958886.1|EC958886
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351038393|gb|FQ461085.1|FQ461085
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGTTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349807219|gb|FQ401211.1|FQ401211
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTGATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349813389|gb|FQ413591.1|FQ413591
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351033302|gb|FQ446534.1|FQ446534
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110382861|gb|EC947188.1|EC947188
EST:     TCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATTGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAA
genomic: TCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAA-TGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAA
EST: gi|349823548|gb|FQ414958.1|FQ414958
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351053332|gb|FQ459200.1|FQ459200
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|26259306|gb|CA810369.1|CA810369
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349814096|gb|FQ414276.1|FQ414276
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|161716062|gb|FC067165.1|FC067165
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351037357|gb|FQ460556.1|FQ460556
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351040731|gb|FQ438275.1|FQ438275
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351021752|gb|FQ437137.1|FQ437137
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351014883|gb|FQ438083.1|FQ438083
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|294966327|gb|GW837578.1|GW837578
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAAATTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110700175|gb|EE077915.1|EE077915
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349832721|gb|FQ422079.1|FQ422079
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351036011|gb|FQ463856.1|FQ463856
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351044524|gb|FQ443055.1|FQ443055
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110369841|gb|EC934010.1|EC934010
EST:     TCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: TCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349809986|gb|FQ398611.1|FQ398611
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351033684|gb|FQ462214.1|FQ462214
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349819007|gb|FQ411702.1|FQ411702
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349822883|gb|FQ398270.1|FQ398270
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|352789768|gb|FQ478583.1|FQ478583
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|71859727|gb|DT008782.1|DT008782
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGC
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGC
EST: gi|352798420|gb|FQ480445.1|FQ480445
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351029592|gb|FQ427432.1|FQ427432
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAACCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110732963|gb|EE108707.1|EE108707
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349808824|gb|FQ406674.1|FQ406674
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349811328|gb|FQ407554.1|FQ407554
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351025742|gb|FQ426756.1|FQ426756
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349812027|gb|FQ410824.1|FQ410824
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|33406289|gb|CF211916.1|CF211916
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110395577|gb|EC961243.1|EC961243
EST:     CTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: CTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|351014637|gb|FQ437639.1|FQ437639
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|294967312|gb|GW836666.1|GW836666
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349820736|gb|FQ408565.1|FQ408565
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|110723293|gb|EE100443.1|EE100443
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
EST: gi|349829844|gb|FQ422157.1|FQ422157
EST:     ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAG                         GATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG
genomic: ATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatgg ... attttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA
                                            tattttttc  CT-rich tract
     ataaaataatatcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG