1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtatacatcttcttccattcacatgtctttactgccaacaacagtgtgatttctggctgcaacaatgctaatggcaacctgtgattaccatatcatattcagtttgtccttgatgtttcttcttttcttttcttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATTTGAAGAGGATCCAGTGTCCAAACAGCCATGTTTTTCGGATATCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv02s0025g02640.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|110374326|gb|EC939496.1|EC939496
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|110379290|gb|EC944475.1|EC944475
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|110376860|gb|EC941936.1|EC941936
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|110422103|gb|EC988415.1|EC988415
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|110372636|gb|EC936820.1|EC936820
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|110429787|gb|EC996293.1|EC996293
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: CGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATEST: gi|27755371|gb|CB036126.1|CB036126
genomic: CGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
EST: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAA ATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
genomic: TCAAGATTTCTTCACCAACGAATTCGGGCTTCCTTTAACTATGACCCCAAgtatacatct ... cttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCAT
accatatcatattcagtttgtccttgatgtttcttcttttcttttcttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATTTGAAGAGGATCCAGTGTCCAAACAGCCATGTTTTTCGGATATCT
ccttgat putative branch site (score: 5)
tttgtccttgatgttt CT-rich tract
ttttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatacatcttcttccattcacatgtctttactgccaacaacagtgtgatttctggctgcaacaatgctaatggcaacctgtgattaccatatcatattcagtttgtccttgatgtttcttcttttcttttcttcatgcagATTTTGAAGATATGAGTTGTGAAATGGTCTATGGGCAAGTCCCACCTCCATTTGAAGAGGATCCAGTGTCCAAACAGCCATGTTTTTCGGATATCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT