Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattctttcctcctcccatctctttccttttgctcctgcctttcttttgctactaccgctgttgttgaagttatattttctatgttactatattttgcctctctctatggttttgatttaatgctgcaaggctaatgcagGCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g01410.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G43470.4 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtattctttcctcctcccatctctttccttttgctcctgcctttcttttgctactaccgctgttgttgaagttatattttctatgttactatattttgcctctctctatggttttgatttaatgctgcaaggctaatgcagGCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG
                                | |  ||||    | | | ||   | |||    |   | | || ||      | |    ||  ||    | ||  |||||||| |    ||  ||  |    | ||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | |
--------------------------------ggttgtgccgga-tatgggtatccctgctcccctaacaataatgtt------gctgaactaacttcttccacttgatggtttttaac--atattggcaaataattgcagGCTTGCAATGCTCATGGACTTTATTGTGTTCCTTTATATGATACCTTGG

upper sequence: Vv02s0025g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA11G02030.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtattctttcctcctcccatctctttccttttgctcctgcctttcttttg-ctactaccgctgttgttgaagttatattttctatgttactatattttgcctctctctatggttttgatttaatgctgcaaggctaatgcagGCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG
                                     ||   | |   ||  |  || | ||| |     |   ||| | |   || |    ||  ||    | ||  |||||||| |    ||  || ||  | | || |||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | |
-------------------------------------tgttgtgccaatgattggtatccctgctcacttaacaataatgt---tgctgaactagcttcttccactgaatggtttttaac--atattggaaaacaattgtagGCTTGCAATGCTCATGGACTTTATTGTGTTCCTTTATATGATACCTTGG

upper sequence: Vv02s0025g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G36910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtattctttcctcctcccatctctttccttttgctcctgcctttcttttgctactaccgctgttgttgaagttatattttctatgttactatattttgcctctctctatggttttgatttaatgctgcaaggctaatgcagGCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG
                            || ||     | | | |||  ||| |     ||  || ||       |||||  ||||| ||| | |  ||   ||  |||  || |||    |   |||||    | ||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| | |
--------------------------aattatgtggtaggcatccttg-gctgc-----ctagtgatggc----catttttaatgttgctaaacta-gctgatcagtatt-ttctgac---acattgcaacataattgcagGCCTGCAACGCTCATGGACTTTATTGTGTTCCCTTATATGATACCTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352781555|gb|FQ468399.1|FQ468399
EST:     GATGTGGTATCTATGGTGCTAATTCTGCTGAGTGGATCATGAGCATGGAG                         GCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG
genomic: GATGTGGTATCTATGGTGCTAATTCTGCTGAGTGGATCATGAGCATGGAGgtattctttc ... gctaatgcagGCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactatattttgcctctctctatggttttgatttaatgctgcaaggctaatgcagGCGTGCAATGCTCATGGGCTCTATTGCGTTCCTTTATATGATACCCTAG
                                            ggctaat  putative branch site (score: 3)
                         ttttgatttaat  TA-rich tract