Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatcagtaaatcctacttgtgtttatttgtaattgttcatacagattagatatgtactggtttttatttttaattaatgggctatttttcctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGTATGTTTGTACTCTTCTTGTTGCGGGAGGTGTATCTTCATTTGCACTTTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g01890.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g01890.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G05170.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gatcagtaaatcctacttgtgttta---tttgtaattgttcatacagattagatatgtactggtttttatttttaattaatgggctatttttcctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGTATGTTTGTACTCTTCTTGTTGCGGGAGGTGTATCTTCATTTGCACTTTT
 || |  |  |  || |  | ||||    || |||||  || | |||||||  |||    |  | ||  | |  ||  || |    | ||| |||   | |||| |||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||  |||| || ||  |||||||| |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||| |
tataatcattttttattgatttttaaaaattttaatttgtcct-cagattatgtataaggtactcttggtct--aacaaaagattcactttaccttaatgcagTTATGCTGATGGGTACTCTGGTATATGGTATAAGATACACTTTTCCAGAATACCTTTGTACTTTTCTTGTTGCTGGAGGGGTATCAACATTTGCACTTCT

upper sequence: Vv01s0026g01890.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G02330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gatcagtaaatcctacttgtgtttatttgtaatt---gttcata--cagattagatatgtactggtttttatttttaattaatgggctatttttcctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGTATGTTTGTACTCTTCTTGTTGCGGGAGGTGTATCTTCATTTGCACTTTT
  ||| | | |  |  |  || || ||| |||||    ||  |   |||||||  |||    |  | ||  | |  ||  || |    | ||| |||   | |||| |||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||  |||| || ||  |||||||| | |||||||| ||||| |||||  ||||||||||| |
--tcaatcattttttttgttgatt-tttataatttaaatttgtcctcagattatgtataaggtactcttggtct--aacaaaagattcactttaccttaatgcagTTATGCTGATGGGTACTCTGGTATATGGTATAAGATACACTTTTCCAGAATACCTTTGTACTTTCCTTGTTGCTGGAGGGGTATCAACATTTGCACTTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351036826|gb|FQ459348.1|FQ459348
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352786451|gb|FQ479060.1|FQ479060
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAACTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351055698|gb|FQ452163.1|FQ452163
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351036783|gb|FQ457496.1|FQ457496
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351035500|gb|FQ463345.1|FQ463345
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032227|gb|FQ460484.1|FQ460484
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351038988|gb|FQ457663.1|FQ457663
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351036168|gb|FQ464013.1|FQ464013
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351044156|gb|FQ452829.1|FQ452829
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351016418|gb|FQ423845.1|FQ423845
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032288|gb|FQ461541.1|FQ461541
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351053959|gb|FQ441725.1|FQ441725
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351054140|gb|FQ450222.1|FQ450222
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351039531|gb|FQ461398.1|FQ461398
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351056081|gb|FQ453542.1|FQ453542
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351052635|gb|FQ452547.1|FQ452547
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|110702475|gb|EE081231.1|EE081231
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032936|gb|FQ461825.1|FQ461825
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352799046|gb|FQ480895.1|FQ480895
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351046246|gb|FQ442624.1|FQ442624
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351044120|gb|FQ452793.1|FQ452793
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351052169|gb|FQ450739.1|FQ450739
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351035854|gb|FQ463699.1|FQ463699
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351044933|gb|FQ449187.1|FQ449187
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351039907|gb|FQ464945.1|FQ464945
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032851|gb|FQ461740.1|FQ461740
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351025121|gb|FQ433538.1|FQ433538
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|349808285|gb|FQ403472.1|FQ403472
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|71856622|gb|DT005677.1|DT005677
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGGTTCCCTGGTCTATGGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGG-TTCCCTGGTCTATGGT
EST: gi|351037946|gb|FQ465184.1|FQ465184
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351034699|gb|FQ458056.1|FQ458056
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351038871|gb|FQ457546.1|FQ457546
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351039167|gb|FQ457842.1|FQ457842
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351057147|gb|FQ450854.1|FQ450854
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|349833245|gb|FQ416623.1|FQ416623
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352786716|gb|FQ479923.1|FQ479923
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351045999|gb|FQ441382.1|FQ441382
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351038382|gb|FQ461074.1|FQ461074
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351042885|gb|FQ451179.1|FQ451179
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351043239|gb|FQ443960.1|FQ443960
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351044055|gb|FQ452728.1|FQ452728
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351039174|gb|FQ457849.1|FQ457849
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352789934|gb|FQ479544.1|FQ479544
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351046457|gb|FQ453073.1|FQ453073
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032986|gb|FQ461875.1|FQ461875
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351051856|gb|FQ455270.1|FQ455270
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|349833159|gb|FQ416537.1|FQ416537
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|110693577|gb|EE069940.1|EE069940
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351054637|gb|FQ456834.1|FQ456834
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351055743|gb|FQ452208.1|FQ452208
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351052982|gb|FQ456589.1|FQ456589
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351023989|gb|FQ423412.1|FQ423412
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351047228|gb|FQ454839.1|FQ454839
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351037336|gb|FQ460535.1|FQ460535
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351042847|gb|FQ451141.1|FQ451141
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351043397|gb|FQ451449.1|FQ451449
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352798359|gb|FQ480384.1|FQ480384
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|29785990|gb|CB343382.2|CB343382
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351047225|gb|FQ454836.1|FQ454836
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTACTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|349814707|gb|FQ409930.1|FQ409930
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351048553|gb|FQ448827.1|FQ448827
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351042707|gb|FQ451122.1|FQ451122
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|349810777|gb|FQ403020.1|FQ403020
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351036420|gb|FQ457133.1|FQ457133
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351026925|gb|FQ436578.1|FQ436578
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351048101|gb|FQ442071.1|FQ442071
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351037142|gb|FQ456975.1|FQ456975
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351054788|gb|FQ462818.1|FQ462818
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352786776|gb|FQ481151.1|FQ481151
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351037430|gb|FQ460629.1|FQ460629
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351043110|gb|FQ451283.1|FQ451283
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351031561|gb|FQ459818.1|FQ459818
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351034733|gb|FQ458090.1|FQ458090
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351053917|gb|FQ441683.1|FQ441683
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351030061|gb|FQ430803.1|FQ430803
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGCTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032621|gb|FQ462335.1|FQ462335
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351012733|gb|FQ430296.1|FQ430296
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351038770|gb|FQ464636.1|FQ464636
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351033504|gb|FQ462155.1|FQ462155
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351041710|gb|FQ455920.1|FQ455920
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351054038|gb|FQ441804.1|FQ441804
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351032204|gb|FQ460461.1|FQ460461
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352790397|gb|FQ478037.1|FQ478037
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCAGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351031612|gb|FQ459869.1|FQ459869
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|352786232|gb|FQ478843.1|FQ478843
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
EST: gi|351042274|gb|FQ442741.1|FQ442741
EST:     GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAG                         TGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT
genomic: GTCCTGGCGAAATCCTCAAAAATGATTCCAGgtgagaaatg ... ctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagatatgtactggtttttatttttaattaatgggctatttttcctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGTATGTTTGTACTCTTCTTGTTGCGGGAGGTGTATCTTCATTTGCACTTTT
                          aattaat  putative branch site (score: 3)
                                    ctatttttcctctttt  putative PPT
               tttttatttttaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gatcagtaaatcctacttgtgtttatttgtaattgttcatacagattagatatgtactggtttttatttttaattaatgggctatttttcctcttttcagTGATGCTGATGGGTTCCCTGGTCTATGGTATTAGATACACAATTCCTGAGTATGTTTGTACTCTTCTTGTTGCGGGAGGTGTATCTTCATTTGCACTTTT

- - - - - -cctactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtac