Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggcacttatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g01770.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g08960.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggcacttatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
      |||| ||  |||   | || ||| ||    ||    || || | | | || |   |||  |     |     |||| |    | |    |  |||||||||| ||  |||| ||||||||||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||||||| | ||||| ||||| || |
tcctttttgtatttattggcattttgttcttgtacgtgtcaccaattgt-actcttttacatgttaacactgtcaaattatgtttacttcgccatcgccagGTACGTTCAAGCTGACACTTCAGTTTACTGAAGATTATCCTAACAAGCCACCTACAGTGCGATTTGTTTCTCGGATGTTTCATCCTAACA

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G110983_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
tacaattgttttgtttgatgtattt--ttcgtggttatgagggcact-tatgatt-attgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
 |||  | ||   ||   |||   |   | ||  || ||||   |||  ||| ||   |  ||   | |   | ||  |||||    ||| || | ||  ||||||||||||||  |||| || |||||||  || || ||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |
-acagctcttagattctgtgtcactagcttgtctttctgagcttactacatggtttgcttctgtcctttgactgata-tgctaactcctgttttattc--tcagGTACGTTTAAGCTGACTCTCCAGTTTAATGAAGAATATCCAAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G40860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
------tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggcacttatgattattgttggtgtgtattta-atg-ctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
      |  |||||    ||   |||    |||  | |     ||   ||  |   || |  ||  ||  | |||| ||| ||| ||| || |       || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| || |
aaaggtttaaattgacccgtgccatgctagtttaattgagcctagt-tacagaattttctaattcatggatttttatatgactggtatccttt-------tctttcagGTACGTTTAAGTTGACACTTCAGTTTACAGAGGATTATCCTAATAAACCACCTACTGTGCGCTTTGTTTCTCGAATGTTTCATCCTAACA

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G16160.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggcacttatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA-
    |  ||||     ||||||||    ||| || ||    |||     | |  || |  ||  ||  | ||||      | ||   ||  |       ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||| || | 
aggtttaaattcacccgtttgatggtaatttagttgtgcctaggtacagtgtt-ttctaatttatgaatttttatatgaacaatatccttgtc----ttttcaggTACGTTTAAGTTGACACTTCAGTTTACAGAGGATTATCCTAATAAACCACCTACTGTGCGTTTTGTTTCTCGAATGTTTCATCCTAACAG

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G16160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggcacttatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
     |  ||||     ||||||||    ||| || ||    |||     | |  || |  ||  ||  | ||||      | ||   ||  |       ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||| || |
aaggtttaaattcacccgtttgatggtaatttagttgtgcctaggtacagtgtt-ttctaatttatgaatttttatatgaacaatatccttgtc----ttttcagGTACGTTTAAGTTGACACTTCAGTTTACAGAGGATTATCCTAATAAACCACCTACTGTGCGTTTTGTTTCTCGAATGTTTCATCCTAACA

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G02400.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggtta--tgagggcacttatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
 |   || | ||  |    ||    | |  |  |||     ||  ||||    ||||  ||   || |   | || ||| | |  | ||  ||  || |||||| || ||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||  |||||| ||||| || |
gtttgatagattcttcaagtgagggtattttaattagacatggttactttgtcttataatttcagtatggcttat-ctgatctaatttg--tgcgtctttcagGCACATTTAAGTTAACACTTCAGTTCACCGAGGATTATCCTAATAAACCACCTACAGTGCGCTTTGTTTCTCAAATGTTTCATCCCAACA

upper sequence: Vv01s0026g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G05080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggc-acttatgattattgt-tggtgtgtattta--atgctgctatgctctgatt---gaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
      ||||| ||| |||   |  |  | || |||       |    || ||| ||| |  | |   || |  |||||  | || ||| |||   |  || |||||| || |||||  | || |||||||| |  ||||||||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||  |||||| |||||||| |
------tgttt-gttagattcttcatgtgagggtattttaattatacctggttactgtgttttctaacttcagcatgcttatctgatctaatttgtgtgtctttcagGCACATTTAAGCTAACACTTCAGTTCATTGAGGATTATCCTAATAAACCACCAGCAGTGCGCTTTGTTTCTCAAATGTTTCATCCAAACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71875128|gb|DT024183.1|DT024183
EST:     ATTTGGACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ATTTGGACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30127372|gb|CB912711.1|CB912711
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|71890318|gb|DT039373.1|DT039373
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30135554|gb|CB920892.1|CB920892
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|27583167|gb|CB005862.1|CB005862
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110694509|gb|EE071677.1|EE071677
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|29781683|gb|CB346307.2|CB346307
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|27584288|gb|CB006983.1|CB006983
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|46919345|gb|CN548674.1|CN548674
EST:     TTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: TTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|33410164|gb|CF215791.1|CF215791
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110716405|gb|EE091360.1|EE091360
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30134615|gb|CB919953.1|CB919953
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110702201|gb|EE080645.1|EE080645
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110690858|gb|EE068296.1|EE068296
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|33407755|gb|CF213382.1|CF213382
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|34361706|gb|CF403291.1|CF403291
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110376843|gb|EC941920.1|EC941920
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|27584058|gb|CB006753.1|CB006753
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110385345|gb|EC949859.1|EC949859
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|27582202|gb|CB004897.1|CB004897
EST:     ACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110378727|gb|EC943873.1|EC943873
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110410253|gb|EC975931.1|EC975931
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110403977|gb|EC969876.1|EC969876
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110361346|gb|EC924813.1|EC924813
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30131741|gb|CB917080.1|CB917080
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30298189|gb|CB974983.1|CB974983
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110415891|gb|EC981831.1|EC981831
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110425573|gb|EC991961.1|EC991961
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|32270605|gb|CD719764.1|CD719764
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|34546972|gb|CF515204.1|CF515204
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|46918375|gb|CN547704.1|CN547704
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30128287|gb|CB913626.1|CB913626
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|26267511|gb|CA818574.1|CA818574
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|33407677|gb|CF213304.1|CF213304
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110413027|gb|EC978796.1|EC978796
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110715265|gb|EE093114.1|EE093114
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110716804|gb|EE092116.1|EE092116
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30134773|gb|CB920111.1|CB920111
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30298664|gb|CB975458.1|CB975458
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCCC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|34549851|gb|CF518083.1|CF518083
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30135486|gb|CB920824.1|CB920824
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|46918162|gb|CN547491.1|CN547491
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|18459627|gb|BM437905.1|BM437905
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110704703|gb|EE081681.1|EE081681
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|26265449|gb|CA816512.1|CA816512
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|33406237|gb|CF211864.1|CF211864
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|45770859|gb|CN006711.1|CN006711
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30126908|gb|CB912247.1|CB912247
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110387432|gb|EC952095.1|EC952095
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|161718495|gb|FC065351.1|FC065351
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110388513|gb|EC953271.1|EC953271
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110714714|gb|EE091939.1|EE091939
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110686187|gb|EE063562.1|EE063562
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|30298723|gb|CB975517.1|CB975517
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCCC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110722871|gb|EE099533.1|EE099533
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110391281|gb|EC956246.1|EC956246
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110700185|gb|EE077933.1|EE077933
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|33406145|gb|CF211772.1|CF211772
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|110697152|gb|EE073900.1|EE073900
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
EST: gi|34547060|gb|CF515292.1|CF515292
EST:     ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAG                         GTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC
genomic: ACCTGATGACACACCTTGGGACGGAGgtaaattcaa ... aatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA
                                    ctctgat  putative branch site (score: 4)
                                               tccttc  putative PPT
                 tgtatttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tacaattgttttgtttgatgtatttttcgtggttatgagggcacttatgattattgttggtgtgtatttaatgctgctatgctctgattgaatccttcagGTACGTTTAAATTGACGCTTCAGTTTACAGAGGATTATCCGAATAAGCCACCAACTGTACGCTTTGTTTCTAGAATGTTCCATCCAAATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg