Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctcaaagctttatagagctatacacacattgatttgtcctagccctttgtaggaaatttcatagtttgagctagaaagatctggaccttggatattatgatatattaaacaatcaagcttcttactaatccttatttctattttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTGTGGATACGGATCCATCAACTCTATTGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g01590.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161720305|gb|FC071158.1|FC071158
EST:     ACCTGAGATGCCAATCGCTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG                         GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: gi|254917156|gb|GR905982.1|GR905982
EST:     ATCGTTTATGCCCCTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG                         GATATGCTAGGCATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
genomic: ATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: gi|110427355|gb|EC993791.1|EC993791
EST:     ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG                         GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: gi|110379815|gb|EC945035.1|EC945035
EST:     ACCTGAGATGCCAATCGCTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG                         GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: gi|71859761|gb|DT008816.1|DT008816
EST:     ACCTGAGATGCCAATCGCTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG                         GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatgatatattaaacaatcaagcttcttactaatccttatttctattttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTGTGGATACGGATCCATCAACTCTATTGCAG
                            tactaat  putative branch site (score: 1)
                                  tccttatttctatttt  CT-rich tract
                           ttactaatccttattt  TA-rich tract