Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcctgtatttcatatttgatagatgtctacctgaggcatgttatggatttcaattgaatttactgtgtttttatgaaaccagCCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTTGCACTCTGCCATGCCCTTGGACATGTTATGTCTAATGTGTCATTTGCAGCGGTGGCTGTGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g00600.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56409287|gb|CX017539.1|CX017539
EST:     GCGTGGCCTACTGTCTTGTCAGTTGGGCTGTTGGTTTACCAAAACGAGCT                         CCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTCGCACTCTGCCAT
genomic: GCGTGGCCTACTGTCTTGTCAGTTGGGCTGTTGGTTTACCAAAACGAGCTgtgagtcctg ... atgaaaccagCCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTTGCACTCTGCCAT
EST: gi|351034668|gb|FQ458025.1|FQ458025
EST:     GCGTGGCCTACTGTCTTGTCAGTTGGGCTGTTGGTTTACCAAAACGAGCT                         CCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTTGCACTCTGCCAT
genomic: GCGTGGCCTACTGTCTTGTCAGTTGGGCTGTTGGTTTACCAAAACGAGCTgtgagtcctg ... atgaaaccagCCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTTGCACTCTGCCAT
EST: gi|56409591|gb|CX017843.1|CX017843
EST:     GCGTGGCCTACTGTCTTGTCAGTTGGGCTGTTGGTTTACCAAAACGAGCT                         CCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTCGCACTCTGCCAT
genomic: GCGTGGCCTACTGTCTTGTCAGTTGGGCTGTTGGTTTACCAAAACGAGCTgtgagtcctg ... atgaaaccagCCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTTGCACTCTGCCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacctgaggcatgttatggatttcaattgaatttactgtgtttttatgaaaccagCCGATGGATAAGGAGCTCCTGCTGCTCCTCACTCCTGTTGCACTCTGCCATGCCCTTGGACATGTTATGTCTAATGTGTCATTTGCAGCGGTGGCTGTGT
                                        tttttat  CT-rich tract
                   atttcaattgaattta  TA-rich tract