Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatttgaaaagataaactattttcatttcagctatcaaatggctgcttgccccacatgtgcagtgtttcattttcatctaatggatgtagatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGCCCATGGGCCATGCAGCTATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g03700.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34415810|gb|CF414564.1|CF414564
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|349808005|gb|FQ402396.1|FQ402396
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|349807671|gb|FQ402062.1|FQ402062
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|71858373|gb|DT007428.1|DT007428
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|349814507|gb|FQ399147.1|FQ399147
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|349815268|gb|FQ400423.1|FQ400423
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|110381005|gb|EC946312.1|EC946312
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC
EST: gi|352777438|gb|FQ474072.1|FQ474072
EST:     GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATG                         GTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGGGGAGCGGTATGGCTTGGGTTTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCACCACCTTATTCTAGTGGGTCTATGATGGGAAATGgtatgtgttg ... gatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttgccccacatgtgcagtgtttcattttcatctaatggatgtagatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGCCCATGGGCCATGCAGCTATG
                               atctaat  putative branch site (score: 3)
                                               tttttc  putative PPT
                     tttcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgatttgaaaagataaactattttcatttcagctatcaaatggctgcttgccccacatgtgcagtgtttcattttcatctaatggatgtagatttttcagGTGGGATGTATGGTATGCCCCCACTGGTGGACCGCTATGGCTTGGGTTTGCCCATGGGCCATGCAGCTATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - ttgaaaa
- - - - - -gataaac
- - - - - - - - - - - - - - - - ctatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggatgt