1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
...gtgcttaacttatgaaatgtgaacttattaagcaatgtatttgtttttgataaattcccaagtcttccttgagcatttgataaaaaaactttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTCATGGTTTACTTCTTTTCTTATACCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0010g00950.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|351043445|gb|FQ444045.1|FQ444045
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|37184688|gb|CF604042.1|CF604042
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|349829684|gb|FQ421202.1|FQ421202
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|349824351|gb|FQ417738.1|FQ417738
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCCEST: gi|110708043|gb|EE085132.1|EE085132
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|110694296|gb|EE071276.1|EE071276
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACATCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|351040557|gb|FQ434690.1|FQ434690
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|351014955|gb|FQ444244.1|FQ444244
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTEST: gi|351029069|gb|FQ435269.1|FQ435269
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCCEST: gi|110687900|gb|EE065836.1|EE065836
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
EST: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACATCTGCCCTACTTGGTTAT ATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
genomic: TAACCCTTATGGGATTCATGTTCTTAGTCACGTCTGCCCTACTTGGTTATgtaagtggag ... ttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCT
tttgataaattcccaagtcttccttgagcatttgataaaaaaactttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTCATGGTTTACTTCTTTTCTTATACCAG
ctttcatttc CT-rich tract
atttgataaaaaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcttaacttatgaaatgtgaacttattaagcaatgtatttgtttttgataaattcccaagtcttccttgagcatttgataaaaaaactttcatttcagATATATTCTCCTCGTTTGGATTCAGCTCCACCAAGATGGGTGCACTTTGCTCATGGTTTACTTCTTTTCTTATACCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - caatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcccaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa