Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtaattctaggtttgccactacattctatggatattaaaagggtcaaggatggcccaaacaggaatgattatctcggttaaatttttatgtcacatgtttgctttagaaaatcttggttggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0313g00030.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0313g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g24570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtaggtaattctaggtttgccactacattctatggatattaaaagggtcaaggatggcccaaacaggaatgattatctcggttaaatttttatgtcacatgtttgctttagaaaatcttggttggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG
                                              || |   |   |  |  ||    ||||  | |    || |  || |  | ||  |  | |||  ||    |||  | | || | ||  ||||   || | |  | | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  | |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||  | ||
----------------------------------------------gtaacacacttcttatgcat---tgatgctatgatatataacttaacataactggcatccttggga----ctt--tagattatccaactctttcctt-tctgttctttagATATGTGATGCGGTTGCTGTTGCTAAAATTCTGAATGCGTCTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAATCCTGTTTGGAAAGACACAAG

upper sequence: Vv00s0313g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaggtaattctaggtttgccactacattctatggatattaaaagggtcaaggatggcccaaacaggaatgattatctcggttaaatttttatgtcacatgtttgctttagaaaatcttggtt--ggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG
                                                            |  |     | ||||       ||   ||||| | ||   | | |||||    |  |  | ||  | |||  ||  |||| |||   |||   ||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||||| ||
----------------------------------------------------------gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggacatgagatagctttctttatccaggctttagattggccaactctttattccaatt--ctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG

upper sequence: Vv00s0313g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G02850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtaggtaattctaggtttgccactacattctatggatattaaaagggtcaaggatggcccaaacaggaatgattatctcggttaaatttttatgtcacatgtttgctttagaaaatcttggttggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG
                                |   |||||||||  |      | |  ||||   |  || | || |  ||    | | | ||  | ||||    |||     ||||| ||              |||| || | ||||  |||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||| ||||| ||
-------------------------------gtaagtattaaaagccttttaagtagatcaaa--agtttgctcatgtgtgt---gtgtgtgtgaaagatgtacaatttg----atcttagtg-------------ttaaattatcttgt--gtagATATGTGATGCAGTTGCTGTTGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATCCCATACCTTGAACTGAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38516635|gb|CF983810.1|CF983810
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCA-AGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTG
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTG
EST: gi|34549653|gb|CF517885.1|CF517885
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|37183648|gb|CF603002.1|CF603002
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|30128462|gb|CB913801.1|CB913801
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|352764443|gb|FQ472800.1|FQ472800
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|71854764|gb|DT003819.1|DT003819
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|71859639|gb|DT008694.1|DT008694
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|161716901|gb|FC068123.1|FC068123
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|110724909|gb|EE101147.1|EE101147
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAAATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|110710320|gb|EE086550.1|EE086550
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|161714330|gb|FC062631.1|FC062631
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|33409871|gb|CF215498.1|CF215498
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAGATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|71855588|gb|DT004643.1|DT004643
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|351032719|gb|FQ462433.1|FQ462433
EST:     GATGCATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|30136929|gb|CB922267.1|CB922267
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|352782495|gb|FQ470398.1|FQ470398
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|352794755|gb|FQ475253.1|FQ475253
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|352785495|gb|FQ477709.1|FQ477709
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|351016529|gb|FQ423956.1|FQ423956
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|351018711|gb|FQ425613.1|FQ425613
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|71857101|gb|DT006156.1|DT006156
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|351013796|gb|FQ433948.1|FQ433948
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|161718121|gb|FC068890.1|FC068890
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAACAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|71857389|gb|DT006444.1|DT006444
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
EST: gi|352773927|gb|FQ473059.1|FQ473059
EST:     GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGG                         ATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTGTTTCTTGATGGAGGGTTAAACCAGCAGAGAATGGGGgtaggtaatt ... ttgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgctttagaaaatcttggttggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG
                                 tcttaat  putative branch site (score: 3)
                              atatcttaatttgtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggtaattctaggtttgccactacattctatggatattaaaagggtcaaggatggcccaaacaggaatgattatctcggttaaatttttatgtcacatgtttgctttagaaaatcttggttggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG