Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtggcaaagtctctaaatctttttatgttgtattttatgtgtgatctcagctttagtctgatttttgtggtgtgaccatgagtgcagGATTCAATTCCACACTTCGTGAAGGCAATGTCACTCATCATGAATATATACAAGTTGGAAAAGGGCGGGATGTGGGCCTTAACCAGATTTCTATGTTTGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01270.t01
intron # 37
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110417842|gb|EC983934.1|EC983934
EST:     AATCAGTAAAGCATCCAAGATTATAAATTTAAGTGAGGACATATTTGCAG                         GATTCAATTCCACACTTCGTGAAGGCAATGTCACTCATCATGAATATATAC
genomic: AATCAGTAAAGCATCCAAGATTATAAATTTAAGTGAGGACATATTTGCAGgtatgtggca ... atgagtgcagGATTCAATTCCACACTTCGTGAAGGCAATGTCACTCATCATGAATATATAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttatgtgtgatctcagctttagtctgatttttgtggtgtgaccatgagtgcagGATTCAATTCCACACTTCGTGAAGGCAATGTCACTCATCATGAATATATACAAGTTGGAAAAGGGCGGGATGTGGGCCTTAACCAGATTTCTATGTTTGA
                       gtctgat  putative branch site (score: 4)
                          tgattttt  TA-rich tract