Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttctacagcataaattagtattggcggcttgatgtttggctcagctatacaaaacatctacttgttaatcaaaatgtacttttaaatcaaattgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAATATCTCATACACAAAATACATATCACTCTTGGCGCACTCAAAAGATATGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g02140.t01
intron # 36
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g02140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 36
lower sequence: AT1G18270.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 38
ttctacagcataaattagtattggcggcttgatgtttggctcagctatacaaaacatctacttgttaatcaaaatgtacttttaaatcaaattgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAATATCTCATACACAAAATACATATCACTCTTGGCGCACTCAAAAGATATGA
   ||      | ||   |||        ||   | |  ||  |  ||     || | | ||| |  ||  |||  |  |   ||||| | ||  | |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  || ||| | || ||||| |||| |||| ||   ||||| |  || ||| | || |
--gtaagtttgagatctctatcacttatgtgcaatct--ctgtgtcatcttttacttattcttat--attgaaaattcataccaaatcgatttcttgcagGGACTAGATTCAGTGATGGTAGATGGTTCTCATCTTTCCTTCACAGAAAATTTATCCTACACGAAATCCATAACAGAGTTGGCCCGTTCCAAAAACATTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349820359|gb|FQ403975.1|FQ403975
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349819138|gb|FQ412032.1|FQ412032
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349824597|gb|FQ413264.1|FQ413264
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|71870716|gb|DT019771.1|DT019771
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|71887135|gb|DT036190.1|DT036190
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTC
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTC
EST: gi|30253243|gb|CB970794.1|CB970794
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGG-TAGATGGTTCTCATCTTCCCT
EST: gi|71890098|gb|DT039153.1|DT039153
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349817092|gb|FQ399839.1|FQ399839
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349808649|gb|FQ405793.1|FQ405793
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAAAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|30323090|gb|CD006352.1|CD006352
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|32247669|gb|CD713488.1|CD713488
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349826605|gb|FQ418696.1|FQ418696
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349824745|gb|FQ414603.1|FQ414603
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|30326313|gb|CD009575.1|CD009575
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|30130704|gb|CB916043.1|CB916043
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|32268416|gb|CD717575.1|CD717575
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349820676|gb|FQ408505.1|FQ408505
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|349808888|gb|FQ406738.1|FQ406738
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGGGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
EST: gi|27582127|gb|CB004822.1|CB004822
EST:     ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG                         GGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT
genomic: ACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTGgtaagttggt ... attgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatacaaaacatctacttgttaatcaaaatgtacttttaaatcaaattgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAATATCTCATACACAAAATACATATCACTCTTGGCGCACTCAAAAGATATGA
                 tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                              ttgcttc  putative PPT
                   ttaatcaaaatgtact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttctacagcataaattagtattggcggcttgatgtttggctcagctatacaaaacatctacttgttaatcaaaatgtacttttaaatcaaattgcttcagGGATTTGATTCAGTTATGGTAGATGGTTCTCATCTTCCCTTCAAGGACAATATCTCATACACAAAATACATATCACTCTTGGCGCACTCAAAAGATATGA

- - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatcaa