1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' | 28 5' 3' | 29 5' 3' | 30 5' 3' | 31 5' 3' | 32 5' 3' | 33 5' 3' | 34 5' 3' | 35 5' 3' | 36 5' 3' | 37 5' 3' | 38 5' 3' | 39 5' 3' |
...tgcattatgccatgcattagtgctatgttaaacatgcattaacgctacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g02140.t01 |
intron # | 35 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349819138|gb|FQ412032.1|FQ412032
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349824597|gb|FQ413264.1|FQ413264
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGCATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|71870716|gb|DT019771.1|DT019771
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|71887135|gb|DT036190.1|DT036190
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|30253243|gb|CB970794.1|CB970794
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|71890098|gb|DT039153.1|DT039153
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349817092|gb|FQ399839.1|FQ399839
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349808649|gb|FQ405793.1|FQ405793
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAAAGAGCTGGTGEST: gi|30323090|gb|CD006352.1|CD006352
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|32247669|gb|CD713488.1|CD713488
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349826605|gb|FQ418696.1|FQ418696
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349824745|gb|FQ414603.1|FQ414603
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|30326313|gb|CD009575.1|CD009575
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|30130704|gb|CB916043.1|CB916043
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|30324336|gb|CD007598.1|CD007598
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|32268416|gb|CD717575.1|CD717575
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349820676|gb|FQ408505.1|FQ408505
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGEST: gi|349808888|gb|FQ406738.1|FQ406738
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGGGAGCTGGTGEST: gi|27582127|gb|CB004822.1|CB004822
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: CGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: CGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
tacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG
agttaac putative branch site (score: 3)
ttaactgtatgatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcattatgccatgcattagtgctatgttaaacatgcattaacgctacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - -ccatgca
- - - - - - - - - - -gctatgt
- - - - - - - - - - - - - - - -acatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct