Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcattatgccatgcattagtgctatgttaaacatgcattaacgctacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g02140.t01
intron # 35
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g02140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 35
lower sequence: GLYMA07G11610.1 (Glycine max), 3'ss of exon 33
----tgcattatgccatgcattagtgctatgttaaacatgcattaacgctacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG
     ||||   | | || |||   | |   | |   ||  |  |    |    | | |   | || ||||  | |     | |  ||| | | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   || || ||||| | ||||||  ||
ggagagcatagaggcctgtatttaggtttaataaccaattaaccactagttagagtctttagatttcactgcctaa---gcattcatgttt-catatgtgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAACTTCAAAGCAGGATCTTGTGGAAGCTCTTGACCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349820359|gb|FQ403975.1|FQ403975
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349819138|gb|FQ412032.1|FQ412032
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349824597|gb|FQ413264.1|FQ413264
EST:     GAGGCATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|71870716|gb|DT019771.1|DT019771
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|71887135|gb|DT036190.1|DT036190
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|30253243|gb|CB970794.1|CB970794
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|71890098|gb|DT039153.1|DT039153
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349817092|gb|FQ399839.1|FQ399839
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349808649|gb|FQ405793.1|FQ405793
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAAAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|30323090|gb|CD006352.1|CD006352
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|32247669|gb|CD713488.1|CD713488
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349826605|gb|FQ418696.1|FQ418696
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349824745|gb|FQ414603.1|FQ414603
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|30326313|gb|CD009575.1|CD009575
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|30130704|gb|CB916043.1|CB916043
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|30324336|gb|CD007598.1|CD007598
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|32268416|gb|CD717575.1|CD717575
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349820676|gb|FQ408505.1|FQ408505
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGCTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|349808888|gb|FQ406738.1|FQ406738
EST:     GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGGGAGCTGGTG
genomic: GAGGAATTCCCTTGGTCGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
EST: gi|27582127|gb|CB004822.1|CB004822
EST:     CGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGT                         GTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG
genomic: CGCATGTTGTATTGCTGCTGCTGCACAAGCTAGTgtaagtgggg ... tgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG
             agttaac  putative branch site (score: 3)
               ttaactgtatgatata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcattatgccatgcattagtgctatgttaaacatgcattaacgctacatgacctgcaagttaactgtatgatatataattttgtatgcttgcatgacagGTTCCCATTACTGTTCACTTTGATCATGGAAGTTCCAAGAGAGAGCTGGTGGATGTTCTTGAGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - -ccatgca
- - - - - - - - - - -gctatgt
- - - - - - - - - - - - - - - -acatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct