1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...agttttcctacatgatccttgtgatttttgttcttattcttttccttgttttgaagctttagtaatttgcaactctaagttctgatttgtaatcttgaagGCCGACGAAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCAGAAACGAGGAGGAGGAAGGATGAGGAGCGCGAAGCAAAGGAGCGCCAGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0177g00150.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTCAAAGAAAAGAGAGAGGAAACGCCAAGAGCGGGAAGCACAGCGACAG GCCGACGGAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCAEST: gi|34543459|gb|CF511691.1|CF511691
genomic: ATTCAAAGAAAAGAGAGAGGAAACGCCAAGAGCGGGAAGCACAGCGACAGgtttcttctt ... aatcttgaagGCCGACGAAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCA
EST: ATTCAAAGAAAAGAGAGAGGAAACGCCAAGAGCGGGAAGCACAGCGACAG GCCGACGGAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCA
genomic: ATTCAAAGAAAAGAGAGAGGAAACGCCAAGAGCGGGAAGCACAGCGACAGgtttcttctt ... aatcttgaagGCCGACGAAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCA
ttgttttgaagctttagtaatttgcaactctaagttctgatttgtaatcttgaagGCCGACGAAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCAGAAACGAGGAGGAGGAAGGATGAGGAGCGCGAAGCAAAGGAGCGCCAGC
ttctgat putative branch site (score: 3)
tttagtaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agttttcctacatgatccttgtgatttttgttcttattcttttccttgttttgaagctttagtaatttgcaactctaagttctgatttgtaatcttgaagGCCGACGAAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCAGAAACGAGGAGGAGGAAGGATGAGGAGCGCGAAGCAAAGGAGCGCCAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - catgatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caactct