Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgttatagagcttttatatctatcaaattgagtggcagttcttttatgctaatattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g04740.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0014g04740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G41190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgttatagagctt---ttatatctatcaaattgagtggcagttcttttatgctaa-tattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG
||||||  |   ||   || |   |   | |   |  | || |     | |  |   ||  | | ||| ||  |  |    | || || ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||
gtgttaatggttttcatttgttgtttatataccaaaagacattctcagtttcttggctaaccatccttttttgtttcataatgtttaccagGGTGGTGATCTTATCAAATGGGACAAGGCCAAAATTGGATATTATGTTGGTATTGACATTGCTGAAGGCTCG

upper sequence: Vv19s0014g04740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G22390.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgttatagagcttttatatctatcaaattgagtggcagttcttttatgctaa-tattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG
|| ||   |   ||   |   |   | |   |  | || | |   | |  |   || || | ||| || ||||   | |||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| 
gtcttcatggttttcagttgtttatataccaaaagtcattcccagtttcttggctaatcatccttttttttcataatgttt--accagGGTGGTGATCTTATCAAATGGGACAAGGCCAAAATTGGATATTATGTTGGTATTGACATTGCTGAAGGCTCA

upper sequence: Vv19s0014g04740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G17220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--------gtgttatagagcttttatatctatcaaattg-agtggcagttctttt----atgctaatattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG----
        |  ||  ||   || | ||| || ||||    | |  |||||  ||     |   ||   | | | ||| ||  |  |    | || || ||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||    
gtgttaatggttttcagttgttgtttatataccaaaagacattctcagtttcttggctaaccatagagtccatccttttttgtttcataatgtttaccagGGTGGTGATCTTATCAAATGGGACTAGGCCAAAATTGGATATTATGTTGGTATTGACATTGCTGAAGGCTCGGTAT

upper sequence: Vv19s0014g04740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G20650.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtgttatagagcttttatatctatcaaattga--gtggcagttcttttatgctaatattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG
  ||| | ||    ||| | | |||  ||||    || || || || | |   || | |  |      || |     |  ||| || ||||||||||| | ||||| ||||| ||||| |  || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||
--gttcttga---cttaaaacaatcttattgttcatgtcaattgttatttctcaaaactaatc-----tcattgtaatgcttttaccagGGTGGTGATTTGATCAAGTGGGATAAGGCGAGAATCGGGTACTATGTTGGAATTGATATTGCTGAAGGGTCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71882642|gb|DT031697.1|DT031697
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|351017257|gb|FQ435609.1|FQ435609
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|351029176|gb|FQ435376.1|FQ435376
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|352786282|gb|FQ478893.1|FQ478893
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|71889110|gb|DT038165.1|DT038165
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|71887602|gb|DT036657.1|DT036657
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|349809402|gb|FQ411900.1|FQ411900
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|349829213|gb|FQ419745.1|FQ419745
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|349814559|gb|FQ399199.1|FQ399199
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|351041305|gb|FQ447432.1|FQ447432
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|349823220|gb|FQ400199.1|FQ400199
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|71888703|gb|DT037758.1|DT037758
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|71884044|gb|DT033099.1|DT033099
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|351046268|gb|FQ442646.1|FQ442646
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|349809129|gb|FQ398926.1|FQ398926
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|349824512|gb|FQ413179.1|FQ413179
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|161710854|gb|FC058160.1|FC058160
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGT
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGT
EST: gi|351056793|gb|FQ443420.1|FQ443420
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
EST: gi|351038453|gb|FQ464319.1|FQ464319
EST:     AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAG                         GGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC
genomic: AGCTTTATGCTCGCCGAGGGGATGCTGTTCTTGATCTTGCTTGTGGCAAGgtgttataga ... ttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggcagttcttttatgctaatattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG
               tgctaat  putative branch site (score: 2)
                     tattctttcttgttct  CT-rich tract
          ttttatgctaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgttatagagcttttatatctatcaaattgagtggcagttcttttatgctaatattctttcttgttcttcacccttttttcactagGGTGGTGATCTAATCAAATGGGACAAGGCAAAGATTGGATACTATGTTGGCATCGATATTGCTGAAGGCTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG