1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tggttaagcaattcagtttgcacatacaagaagcgttttttaaccattctatcttttggattaagtaagataatatttgtttttatgccatgtataacagTGAATTGTTTCAAAGCGAGTTTCTTACCGAACCAAGGGACAAAATGGAAGAACGTGAAGCAGCAATAGAGCTTAGAGAGAGAATAGAGGAGCAGGAATTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g02660.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
attctatcttttggattaagtaagataatatttgtttttatgccatgtataacagTGAATTGTTTCAAAGCGAGTTTCTTACCGAACCAAGGGACAAAATGGAAGAACGTGAAGCAGCAATAGAGCTTAGAGAGAGAATAGAGGAGCAGGAATTG
attaagtaagataata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggttaagcaattcagtttgcacatacaagaagcgttttttaaccattctatcttttggattaagtaagataatatttgtttttatgccatgtataacagTGAATTGTTTCAAAGCGAGTTTCTTACCGAACCAAGGGACAAAATGGAAGAACGTGAAGCAGCAATAGAGCTTAGAGAGAGAATAGAGGAGCAGGAATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - caattca
- - - - - - - - - - cacatac
- - - - - - - - - - - - - -aagaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcca