1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtgcatgcttcttttctggttttctttcttgtcacttaaatagtttaggctccaagtctttcttttcatacagttttcttattaagatgagcatacatggagtcttattattgttttgtcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0001g12750.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|30125650|gb|CB910989.1|CB910989
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGEST: gi|161714080|gb|FC064381.1|FC064381
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110697937|gb|EE075379.1|EE075379
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|161716110|gb|FC069483.1|FC069483
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110718647|gb|EE095720.1|EE095720
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|161714866|gb|FC063017.1|FC063017
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110697939|gb|EE075381.1|EE075381
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110701299|gb|EE078705.1|EE078705
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110684947|gb|EE062806.1|EE062806
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110699416|gb|EE076394.1|EE076394
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110718530|gb|EE095467.1|EE095467
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAGGGGGTAAAGEST: gi|161717418|gb|FC067550.1|FC067550
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAA GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110719756|gb|EE095160.1|EE095160
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|33401764|gb|CF207391.1|CF207391
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110710884|gb|EE087453.1|EE087453
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAA GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|161709889|gb|FC060207.1|FC060207
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGAATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|30126585|gb|CB911924.1|CB911924
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGA-TTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTEST: gi|110697936|gb|EE075378.1|EE075378
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTT
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110720579|gb|EE096626.1|EE096626
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|71868003|gb|DT017058.1|DT017058
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGEST: gi|110698651|gb|EE076389.1|EE076389
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
EST: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAG GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
genomic: TGGGCAATCGTACAATGCGGCCCTGTCTCTCAAGTGCTGTTAAGATTCAGgtgcatgctt ... tcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
ttttcttattaagatgagcatacatggagtcttattattgttttgtcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
ttgttttgtccctt CT-rich tract
tcttattattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcatgcttcttttctggttttctttcttgtcacttaaatagtttaggctccaagtctttcttttcatacagttttcttattaagatgagcatacatggagtcttattattgttttgtcccttgcagGCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT