1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aagattgaattattgctgccacttaggaagagcgtatatctgaatattgcaaatgctatacttttgctcattaaaagttggttatgttctgtcctttcagCTGATTGAACGCTTTAATGGGCGACTACCAGGTTATGTTGGATATGGAAATGATAAATGTTCTTTTAGTCATGTTGATGATGTAGTGGAGGGGCAAATAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0001g10720.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATATATGGTCCAGGCAAGGTTACAGCCGGCAACATTGTTGCTCGAATG CTGATTGAACGEST: gi|110712881|gb|EE088316.1|EE088316
genomic: TTATATATGGTCCAGGCAAGGTTACAGCCGGCAACATTGTTGCTCGAATGgtaagactta ... gtcctttcagCTGATTGAACG
EST: TTATATATGGTCCAGGCAAGGTTACAGCCGGCAACATTGTTGCTCGAATG CTGATTGAACGCTTTAATGGGCGACTACCAGGTTATGTTGGATATGGAAAT
genomic: TTATATATGGTCCAGGCAAGGTTACAGCCGGCAACATTGTTGCTCGAATGgtaagactta ... gtcctttcagCTGATTGAACGCTTTAATGGGCGACTACCAGGTTATGTTGGATATGGAAAT
attgcaaatgctatacttttgctcattaaaagttggttatgttctgtcctttcagCTGATTGAACGCTTTAATGGGCGACTACCAGGTTATGTTGGATATGGAAATGATAAATGTTCTTTTAGTCATGTTGATGATGTAGTGGAGGGGCAAATAG
tgttctgtcctttc CT-rich tract
attaaaagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagattgaattattgctgccacttaggaagagcgtatatctgaatattgcaaatgctatacttttgctcattaaaagttggttatgttctgtcctttcagCTGATTGAACGCTTTAATGGGCGACTACCAGGTTATGTTGGATATGGAAATGATAAATGTTCTTTTAGTCATGTTGATGATGTAGTGGAGGGGCAAATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - -gccactt
- - - - - - - - - - - - aggaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attaaaa