Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgttaatctttcaaactcatctcataatcactctttagatgtggtgttgatgttgtgtttcattggtttggtatatacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTCCCAACGCAGAGCGAAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g05550.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351026523|gb|FQ428535.1|FQ428535
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351015878|gb|FQ431833.1|FQ431833
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|32265216|gb|CD716805.1|CD716805
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351056154|gb|FQ453616.1|FQ453616
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110409912|gb|EC975586.1|EC975586
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351027210|gb|FQ444459.1|FQ444459
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAGCGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110413030|gb|EC978799.1|EC978799
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351013557|gb|FQ425588.1|FQ425588
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|37186472|gb|CF605825.1|CF605825
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351026982|gb|FQ436635.1|FQ436635
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110374026|gb|EC938504.1|EC938504
EST:     GCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: GCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|349825188|gb|FQ415735.1|FQ415735
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|161720292|gb|FC070553.1|FC070553
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|30321299|gb|CD004561.1|CD004561
EST:     TATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351015736|gb|FQ431691.1|FQ431691
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110733043|gb|EE108857.1|EE108857
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110381112|gb|EC946429.1|EC946429
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|349817238|gb|FQ405242.1|FQ405242
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|351039277|gb|FQ461144.1|FQ461144
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGGTGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|294964425|gb|GW838228.1|GW838228
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110408451|gb|EC974087.1|EC974087
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|349809657|gb|FQ414548.1|FQ414548
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GACGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110405318|gb|EC970858.1|EC970858
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
EST: gi|110430375|gb|EC996928.1|EC996928
EST:     TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACG                         GAAGGAACGTGGATGGAAGAGAGATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC
genomic: TCGTTATAAGTATGCGGATGAGGCCCAGAAGGCGGTAGAAAAGCTTGACGgttagtgtta ... atacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actctttagatgtggtgttgatgttgtgtttcattggtttggtatatacttccagGAAGGAACGTGGATGGAAGAGAAATTATGGTTCAATTTGCCAAGTATGGTCCCAACGCAGAGCGAAT
               tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                              tacttcc  putative PPT
                                          tatatactt  TA-rich tract