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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgtttttctgcaattaaaatagaacaacttagcaaccttaagtgcttttctttttctttattgttttaaatgtgatgggcacagtttttactaaaaaatgtatattttttttaacccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGTATTCTTAAATTAGTTGAAGGAAACAAAAAATTTCTTGCAATTGACAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g03830.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g66170.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagttgtttttctgcaattaaaatagaacaacttagcaaccttaagtgcttttctttttctttattgttttaaatgtgatgggcacagtttttactaaaaaatgtatattttttttaacc--cttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGTATTCTTAAATTAGTTGAAGGAAACAAAAAATTTCTTGCAATTGACAAAG
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-------------------------------------------gtaagtaaat--ccacatcaacagcattct----gttgttaactctgccttcagctgcattttcttattgtgctttgccaactgtgcagCTAGCTGCAGCAGTGGCCTTTCTTATTGCTAGATACTTTGCCAGAGAGCGAATTCTCAAATTGGTTGAAGGAAACAAGAAGTTTCTGGCAATTGACAAAG

upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G011479_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaagttgtttttctgcaattaaaatagaacaacttagcaaccttaagtgcttttctttttcttta-ttgttttaaatg-tgatgggcacagtttttactaaaaaatgtatattttttttaacccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGTATTCTTAAATTAGTTGAAGGAAACAAAAAATTTCTTGCAATTGACAAAG
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-------------------------------------------gtaagcacttcacatcagtagcacttattctgaattctgcccgaacttgcatctgcttacagaaatttactgattttg--------tagCTAGCTGCAGCGGTGGCCTTCCTTATTGCTAGATACTTCGCCAGAGAGAGAATTCTTAAATTGGTTGAAGGAAATAAGAAGTTTCTGGCAATTGATAAAG

upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagttgtttttctgcaattaaaatagaacaacttagcaaccttaagtgcttttctttttctttattgttttaaatgtgatgggcacagtttttactaaaaaatgtatattttttttaacccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGTATTCTTAAATTAGTTGAAGGAAACAAAAAATTTCTTGCAATTGACAAAG
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-------------------------tcaaatta-ttaatggggtaaagaagtatacaatttttgcgtggtgctaattaattctagtgctatgtatgcttttaatctaatatttt----aaggcattgtagGTGGCAGCCAGTGTTGCTTTTCTAATTGCAAGATATTTTGCTCGTGAGCGAATTGTAAAACTAGTGGAAGGAAATAAGAAGTTTGTTGCTATTGACAAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794480|gb|FQ481713.1|FQ481713
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|30251710|gb|CB969443.1|CB969443
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|349819285|gb|FQ412179.1|FQ412179
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351034940|gb|FQ458297.1|FQ458297
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351034901|gb|FQ458258.1|FQ458258
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351057222|gb|FQ450929.1|FQ450929
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351036114|gb|FQ463959.1|FQ463959
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351039397|gb|FQ461264.1|FQ461264
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351034737|gb|FQ458094.1|FQ458094
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|30251561|gb|CB969294.1|CB969294
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351045198|gb|FQ451646.1|FQ451646
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|349808981|gb|FQ406831.1|FQ406831
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAATGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351036320|gb|FQ458695.1|FQ458695
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351032915|gb|FQ461804.1|FQ461804
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351037983|gb|FQ465221.1|FQ465221
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351033705|gb|FQ462235.1|FQ462235
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351052004|gb|FQ450695.1|FQ450695
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|30251627|gb|CB969360.1|CB969360
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351032199|gb|FQ460456.1|FQ460456
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351046526|gb|FQ453142.1|FQ453142
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|110724658|gb|EE100678.1|EE100678
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|30251641|gb|CB969374.1|CB969374
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|352798388|gb|FQ480413.1|FQ480413
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
EST: gi|351041669|gb|FQ455879.1|FQ455879
EST:     TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA                         GTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT
genomic: TGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACAgtaagttgtt ... cccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgatgggcacagtttttactaaaaaatgtatattttttttaacccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGTATTCTTAAATTAGTTGAAGGAAACAAAAAATTTCTTGCAATTGACAAAG
                                   ttttttttaacccttt  CT-rich tract
               tttttactaaaaaatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttgtttttctgcaattaaaatagaacaacttagcaaccttaagtgcttttctttttctttattgttttaaatgtgatgggcacagtttttactaaaaaatgtatattttttttaacccttttcagGTTGCAGCAAGTGTTGCCTTCTTAATTGCCAGATATTTTGCTCGTGAACGTATTCTTAAATTAGTTGAAGGAAACAAAAAATTTCTTGCAATTGACAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA