Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataagcttatttttgcttataaatggttgtctggtggatcccatatgagcttcttggtatgtcttccatgcactttctgaagtgtcatctttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g02550.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g02550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g49110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-----------------------------------------------------------------------------ataagcttatt--tttgcttataaatggttgtctggtggatcccatatgagcttcttggta-----tgtcttccatgcactttctgaagtgt--catctttcaa--tgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG
                                                                               ||| | ||   | ||| | |  ||  |  |  | |  ||    | | ||||  |  |||          | || ||    | | | ||||  ||| |   ||  |||||||    ||| | || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||
gtattcagagtgctgggaattatctaaaaaaaaaatgtttatcacttgtcatgcatttagatttttagtgattctgttgaagataatccatgtgcattttcatattgcttggatcaatagtgt-taagctcttaagtagctaccagtcttcaggcttgatgtaatgtgttccatatgataacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAAGTTCCTGATGCATTGAAG

upper sequence: Vv18s0001g02550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G12110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ataagcttatttttgcttata-aatggttgtctggtggatcccatatgagcttcttggtatgtcttccatgcactttctgaagtgtcatctttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG
 | ||||  |  ||     |   ||| |  | |  |     | |   |   | ||   | | |    || | | |||     | | ||| ||    | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||
tttagctactcattagaagtttgatgttcttttaatttgatcaaggagttttgctgattttattgatcaaggagttttcagtggg-cattttgtgcttcagGTTGCAAAAGCACGGGATGTTGGTGTTAATAGTGTCGTGCTCTTCCCTAAAATTCCAGATGCTTTGAAG

upper sequence: Vv18s0001g02550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G42670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
------------------------------------ataagcttatttttgcttataaatggt-tgtctggtggatcccat-atgagcttcttggtatgtcttccatg---cact------------ttctgaagtgtcatctttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG-------------------------------
                                     |   ||| ||| |  |  ||||  || ||  || |||      | |||   ||||   ||| ||||  ||    || |            || | ||| | ||| ||    | ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||||||||| |  | |                               
gtttgaatcatgctatgctgggggaagctggcaggttttttcttttttatattcctaaactgtgtgggtgatggtgatggtgatgttattctgactatatcttgtataactcattaaagtttagtaattttcaaggggcattttgtgcttcagGTTGCAAAAGCACGGGATGTTGGTGTTAATAGTGTTGTGCTCTTCCCCAAAATTCCAGATGCTTGAAGGTTCTATTCTCTCTCCTGCATACTATAGGCTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789677|gb|FQ476275.1|FQ476275
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351023176|gb|FQ432559.1|FQ432559
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351039238|gb|FQ457913.1|FQ457913
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|349830570|gb|FQ416868.1|FQ416868
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351044281|gb|FQ447635.1|FQ447635
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351036615|gb|FQ457328.1|FQ457328
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|349828957|gb|FQ419290.1|FQ419290
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351052784|gb|FQ456511.1|FQ456511
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|110386828|gb|EC951456.1|EC951456
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351044566|gb|FQ443097.1|FQ443097
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|110373793|gb|EC938150.1|EC938150
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|110732090|gb|EE107070.1|EE107070
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAA                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351055179|gb|FQ440518.1|FQ440518
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351012975|gb|FQ433702.1|FQ433702
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351020103|gb|FQ445710.1|FQ445710
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|161718611|gb|FC068206.1|FC068206
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351054528|gb|FQ452004.1|FQ452004
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|161714115|gb|FC064398.1|FC064398
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|349830492|gb|FQ416790.1|FQ416790
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|351015476|gb|FQ447305.1|FQ447305
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
EST: gi|349826066|gb|FQ415871.1|FQ415871
EST:     CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG                         GTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA
genomic: CCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAGgtgaatgagc ... ttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagcttcttggtatgtcttccatgcactttctgaagtgtcatctttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG
                                       tcatctttc  CT-rich tract
                                            tttcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ataagcttatttttgcttataaatggttgtctggtggatcccatatgagcttcttggtatgtcttccatgcactttctgaagtgtcatctttcaatgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - -tgtctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttctg