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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatctttcccagctttgtattttgtttgtatgattattaccttatggcagtgactgccaactaaagctttttcctttttaattttaatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAACAAAGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0053g00620.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0053g00620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G17880.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtaa-tctttcccagctttgtattttgtttgtatgattattaccttatggcagtgactgccaactaaagctttttcctttttaattttaatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAACAAAGA
|||| || ||   | |    | |||| | | ||  || |  ||||| |     ||  | |  |  |  | |  | |  ||| ||| ||| ||   |||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || || |
gtaagtcatttttaacc--attttttatctatac-atcagaacctttttttcatg-ttactgatcattgttcctcc--tttgaatgttacta---cagTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110686448|gb|EE064096.1|EE064096
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EST: gi|110706244|gb|EE081599.1|EE081599
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EST: gi|110376370|gb|EC941430.1|EC941430
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
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EST: gi|71865480|gb|DT014535.1|DT014535
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EST: gi|77588616|gb|DV223520.1|DV223520
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EST: gi|77586108|gb|DV222152.1|DV222152
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EST: gi|22013210|gb|BQ798244.1|BQ798244
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EST: gi|110691212|gb|EE069058.1|EE069058
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EST: gi|77580541|gb|DV219166.1|DV219166
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EST: gi|351026811|gb|FQ436464.1|FQ436464
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EST: gi|110707183|gb|EE083371.1|EE083371
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EST: gi|351026228|gb|FQ428240.1|FQ428240
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EST: gi|51052005|gb|CO819342.1|CO819342
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EST: gi|34319662|gb|CF372416.1|CF372416
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EST: gi|33407720|gb|CF213347.1|CF213347
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EST: gi|71867848|gb|DT016903.1|DT016903
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EST: gi|110721210|gb|EE097944.1|EE097944
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genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|110699406|gb|EE076377.1|EE076377
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|77585573|gb|DV221881.1|DV221881
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
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EST: gi|110703208|gb|EE079855.1|EE079855
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|34320435|gb|CF373189.1|CF373189
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCCGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|110391579|gb|EC956565.1|EC956565
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCCGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|71867077|gb|DT016132.1|DT016132
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EST: gi|30135956|gb|CB921294.1|CB921294
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genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|34549174|gb|CF517406.1|CF517406
EST:     GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAG                         TTCAAGCCTCTATAGCCGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
genomic: GGTCAACATCTTTAAAGATGATGTGGTTATTCAGTTTTTAAACCCCAAAGgtaatctttc ... aatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAA
EST: gi|110421965|gb|EC988273.1|EC988273
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttatggcagtgactgccaactaaagctttttcctttttaattttaatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAACAAAGA
                  aactaaagctttttcc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatctttcccagctttgtattttgtttgtatgattattaccttatggcagtgactgccaactaaagctttttcctttttaattttaatatttcagTTCAAGCCTCTATAGCTGCAAACACTTGGGTTGTTAGTGGATCTCCTCAAACAAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC