1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tattttcttgactgccaaacattttataataataaatcttaccttttgtcaagcccagttacttagtcaatttctgatctatttttctggatgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGCTCATCCAGCTGCTAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g08170.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|352764588|gb|FQ472945.1|FQ472945
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|37189192|gb|CF608541.1|CF608541
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|352769725|gb|FQ468653.1|FQ468653
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71857425|gb|DT006480.1|DT006480
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71857213|gb|DT006268.1|DT006268
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71857633|gb|DT006688.1|DT006688
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71857432|gb|DT006487.1|DT006487
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71859366|gb|DT008421.1|DT008421
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71857184|gb|DT006239.1|DT006239
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71856945|gb|DT006000.1|DT006000
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71857006|gb|DT006061.1|DT006061
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71858194|gb|DT007249.1|DT007249
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGEST: gi|71855063|gb|DT004118.1|DT004118
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
EST: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAG GTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
genomic: AACCTTGGGTCCAAGATCCATGTTGAAGATGTTACTTGATGCTGGAGGAGgtgatttgat ... atgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTG
ttgtcaagcccagttacttagtcaatttctgatctatttttctggatgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGCTCATCCAGCTGCTAAG
ttctgat putative branch site (score: 3)
atctattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattttcttgactgccaaacattttataataataaatcttaccttttgtcaagcccagttacttagtcaatttctgatctatttttctggatgctgtcagGTATTGTGGTCACTAATGATGGAAATTCTATTCTTCGGGAGTTAGATCTTGCTCATCCAGCTGCTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - aataaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaagcc