Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttcatatcatcaatttggtgagcagaagaattatgtcttataaatgctgtttctcctgtttgagtgttcctgatgacatcaaaatgggtatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATAAGTATGCCATTCCAACCCCCAAGGAACAGTGCAGCAAATCTTTGCAACT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g00400.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110419582|gb|EC985821.1|EC985821
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|110394034|gb|EC958407.1|EC958407
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|30305673|gb|CB982467.1|CB982467
EST:     GTTGTCCAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|87586675|gb|DY474853.1|DY474853
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|160482081|gb|EY255058.1|EY255058
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|161719057|gb|FC066039.1|FC066039
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|110411522|gb|EC977239.1|EC977239
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|30133244|gb|CB918583.1|CB918583
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATG
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATG
EST: gi|161721484|gb|FC070462.1|FC070462
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|161715501|gb|FC067093.1|FC067093
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
EST: gi|110405066|gb|EC970596.1|EC970596
EST:     GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT                         ATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA
genomic: GTTGTACAAGGGTCTTGTTCCTCTATGGGGACGACAGATTCCATgtaagctgaa ... tatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgctgtttctcctgtttgagtgttcctgatgacatcaaaatgggtatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATAAGTATGCCATTCCAACCCCCAAGGAACAGTGCAGCAAATCTTTGCAACT
                        tcctgat  putative branch site (score: 3)
                                  atcaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttcatatcatcaatttggtgagcagaagaattatgtcttataaatgctgtttctcctgtttgagtgttcctgatgacatcaaaatgggtatttcgcagATACAATGATGAAGTTTGCATCCTTTGAGACTATTGTGGAGATGTTATATAAGTATGCCATTCCAACCCCCAAGGAACAGTGCAGCAAATCTTTGCAACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - tcatcaa
- - - - - - - - -tggtgag
- - - - - - - - - - - - -agaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaaaat