1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atgttgtccttattaataatctgctaaacgggtttcttgcacatccgtattctgctctttggctctgtcatagtaaaacttcaaacaacctgcatttcagGTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTAAATTTATGCAAAAGCATGATGGGAAGAGGAGAATGGCCACCTCTTATGGTTGTTTTTGATCCTAAAGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0098g01510.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGCTCCTAAGTCTGCAAATCGAGCAGTTCTTGAGCATGGAGGAATGCAG GTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTAAATTTATGCAAAAGCATGATGEST: gi|161717377|gb|FC069207.1|FC069207
genomic: TGGCTCCTAAGTCTGCAAATCGAGCAGTTCTTGAGCATGGAGGAATGCAGgtcagtgacc ... tgcatttcagGTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTAAATTTATGCAAAAGCATGATG
EST: TGGCTCCTAAGTCTGCAAATCGAGCAGTTCTTGAGCATGGAGGAATGCAG GTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTA
genomic: TGGCTCCTAAGTCTGCAAATCGAGCAGTTCTTGAGCATGGAGGAATGCAGgtcagtgacc ... tgcatttcagGTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTA
cgtattctgctctttggctctgtcatagtaaaacttcaaacaacctgcatttcagGTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTAAATTTATGCAAAAGCATGATGGGAAGAGGAGAATGGCCACCTCTTATGGTTGTTTTTGATCCTAAAGAAG
atagtaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgttgtccttattaataatctgctaaacgggtttcttgcacatccgtattctgctctttggctctgtcatagtaaaacttcaaacaacctgcatttcagGTTTTATCTAAAGAAGACACTGAAACCTTAAATTTATGCAAAAGCATGATGGGAAGAGGAGAATGGCCACCTCTTATGGTTGTTTTTGATCCTAAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
-tgttgtc
- - - - - - - - - - ctgctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaacc