Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttcatttcctaatactgtaatatttattcattttagattactcactcttactgaaaactaacttgaatcttgacagGAATATGTTATGGATGCACTTTCTGGGAAGACGGTCCTACTTGTAACCCACCAAGTTGACTTCCTTCCTGCATTTGATTCTGTTCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g02480.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352772250|gb|FQ469775.1|FQ469775
EST:     ATGACCCATTTAGTGCTGTTGATGCACATACTGCTACAAGTCTTTTTAAT                         GAATATGTTATGGATGCACTTTCTGGGAAGACGGTCCTACTTGTAACCCAC
genomic: ATGACCCATTTAGTGCTGTTGATGCACATACTGCTACAAGTCTTTTTAATgtaacttcat ... atcttgacagGAATATGTTATGGATGCACTTTCTGGGAAGACGGTCCTACTTGTAACCCAC
EST: gi|352777367|gb|FQ474001.1|FQ474001
EST:     ATGACCCATTTAGTGCTGTTGATGCACATACTGCTACAAGTCTTTTTAAT                         GAATATGTTATGGATGCACTTTCTGGGAAGACGGTCCTACTTGTAACCCAC
genomic: ATGACCCATTTAGTGCTGTTGATGCACATACTGCTACAAGTCTTTTTAATgtaacttcat ... atcttgacagGAATATGTTATGGATGCACTTTCTGGGAAGACGGTCCTACTTGTAACCCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttattcattttagattactcactcttactgaaaactaacttgaatcttgacagGAATATGTTATGGATGCACTTTCTGGGAAGACGGTCCTACTTGTAACCCACCAAGTTGACTTCCTTCCTGCATTTGATTCTGTTCTG
                                  aactaac  putative branch site (score: 1)
     ttcattttagatta  TA-rich tract