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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattctatatctctatcattttttttctatgttgggttcttagatttttttcacttggcatattgattaatgtgttaaattgtcttgagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGGGTATCGTGGAGGCCCTCGTGGCCCTCCAGGCGAGTTTGGTGGTGACAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g01160.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0050g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g35090.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaattctatatctctatcattttttttctatgttgg---gttcttagatttttttcacttggcata--ttgat--taatgtgttaaattgtcttgagcttt---tagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGGGTATCGTGGAGGCCCTCGTGGCCCTCCAGGCGAGTTTGGTGGTGACAAG
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--------atgtgttgatgtggtttggtttaagttaatctgttcatagtctttcctgatttaatggaggctgattctatactgttgattctctttgcgatgtatgtagGGGCCCGCCTCGCTTTGAAGGGGACAGGCCAAGGTTTGGTGACAGAGATGGGTACCGTGGTGGTCCTCGTGGTGCTCCTGGTGACTTTGGTGGTGAGAAG

upper sequence: Vv16s0050g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g73160.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
------gtaattctatatctctatcattttttttctatgttgggttcttagatttttttcacttggcatattgattaatgtgttaaattgtcttgagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGGGTATCGTGGAGGCCCTCGTGGCCCTCCAGGCGAGTTTGGTGGTGACAAG
        |||  ||||          |||| ||      ||  ||    ||    | | | | |  | | |||| | | |  |   || | ||    |   || ||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||  | ||||| ||  | || ||||| |||||  ||||||| || |||||||| || |||
tgtactcaaatgatataatctggctgcttttgtttatgaatgtattgcctgaaaactct-agtggagacactgat-attatcctt--ttctgttcgtgtggcagAGGCCCGCCTCGCTTTGAGGGTGACAGGCCCAGGTTTGGTGACAGGGATGGTTACAGGGGTGGCCCACGTGGTGCTCCAGGTGATTTTGGTGGCGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110696615|gb|EE072889.1|EE072889
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110400553|gb|EC967119.1|EC967119
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110416737|gb|EC982738.1|EC982738
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCCCCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|51051467|gb|CO819071.1|CO819071
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110377465|gb|EC942530.1|EC942530
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|34320284|gb|CF373038.1|CF373038
EST:     CCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: CCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110382383|gb|EC939329.1|EC939329
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110715571|gb|EE093772.1|EE093772
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110700496|gb|EE078604.1|EE078604
EST:     TGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: TGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGG-CCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|71868077|gb|DT017132.1|DT017132
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110702044|gb|EE080304.1|EE080304
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110373431|gb|EC937667.1|EC937667
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110416841|gb|EC982847.1|EC982847
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110703760|gb|EE080890.1|EE080890
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110398785|gb|EC965259.1|EC965259
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110690684|gb|EE068060.1|EE068060
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|87584273|gb|DY473501.1|DY473501
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|71872604|gb|DT021659.1|DT021659
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|34364255|gb|CF405840.1|CF405840
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110360451|gb|EC923562.1|EC923562
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|71870077|gb|DT019132.1|DT019132
EST:     GCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110363287|gb|EC926864.1|EC926864
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|77584540|gb|DV221341.1|DV221341
EST:     GCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110692204|gb|EE071178.1|EE071178
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110723368|gb|EE100598.1|EE100598
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|87584250|gb|DY473484.1|DY473484
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|83276421|gb|DV940429.1|DV940429
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|30320459|gb|CD003721.1|CD003721
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|29781884|gb|CB346698.2|CB346698
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|18458561|gb|BM436839.1|BM436839
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110722253|gb|EE098322.1|EE098322
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|32268119|gb|CD717278.1|CD717278
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|229418687|gb|GO652924.1|GO652924
EST:     GTGAAACTCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|83276434|gb|DV940442.1|DV940442
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGGCCACCTGGTGACCGTTCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110401412|gb|EC968022.1|EC968022
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|37189321|gb|CF608670.1|CF608670
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110692508|gb|EE071834.1|EE071834
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110383847|gb|EC948248.1|EC948248
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatttttttcacttggcatattgattaatgtgttaaattgtcttgagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGGGTATCGTGGAGGCCCTCGTGGCCCTCCAGGCGAGTTTGGTGGTGACAAG
                       gattaat  putative branch site (score: 3)
                                                ctttt  putative PPT
                  atattgattaatgtgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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