Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaatcttggtcctccaggaattcgtttgggtggcattatgattggtcctaatatctttagtcactttctcttgaaagtttttggtacctatttgcatattgccctttgtgaattgtgataatctgcatttaatgttttccttttctttggttgtattgtgtgtgccatcagGCAAAACGAGCAGCTCTCAAAGTATGGGGACACAAAATCAGCTCGTGGTATTATGCTTATAGAACTTAAAAAGCTTATTGAGGCAAATCCACTGTTCCGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0039g02410.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0039g02410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g06480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgcaatcttggtcctccaggaattcgtttgggtggcattatgattggtcctaatatctttagtcactttctcttgaa-agtttttggtacct-atttgcatattgccctttgtgaattgtgataatctgcatttaatgttttccttttctttggttgtattgtgtgtgccatcagGCAAAACGAGCAGCTCTCAAAGTATGGGGACACAAAATCAGCTCGTGGTATTATGCTTATAGAACTTAAAAAGCTTATTGAGGCAAATCCACTGTTCCGT
                                                                ||   ||  |  |||  ||||| | | |  |   |||  ||     |   ||| ||||   |||  |  || | ||  | |  |            |  ||        | ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||| || || || || ||||||||||||||||| |||||||| || 
----------------------------------------------------------------gtatgttggtgatgattagtttatagcattttgattgagtaaaatgcccagtgcattggagtaagataaatgtgatagtgtatta----------atgatgaacacttgaacagGCAAAATGAGCAGCTGTCCAAGTATGGGGACACAAAGTCAGCTCGGAATATCATGCTCATGGAGCTCAAGAAGCTTATTGAGGCAAACCCACTGTTTCGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gataatctgcatttaatgttttccttttctttggttgtattgtgtgtgccatcagGCAAAACGAGCAGCTCTCAAAGTATGGGGACACAAAATCAGCTCGTGGTATTATGCTTATAGAACTTAAAAAGCTTATTGAGGCAAATCCACTGTTCCGT
          atttaat  putative branch site (score: 4)
          atttaatgtttt  TA-rich tract