1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...atacaactatccttatttccagctcaagcatttgtagaacaatgatgaagtgatgcaaacccaattgctgattgtttttgcattttttttccctatgtagAGCATGTTAAGTCTATTAAGATCCATGCATGTCTTGATTATCTTGGAAGAAGATGCTTCCTTCCTCCGATATGGTTACTTGTCACCCGACAATGCTGCTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0022g01120.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgaagtgatgcaaacccaattgctgattgtttttgcattttttttccctatgtagAGCATGTTAAGTCTATTAAGATCCATGCATGTCTTGATTATCTTGGAAGAAGATGCTTCCTTCCTCCGATATGGTTACTTGTCACCCGACAATGCTGCTG
tgctgat putative branch site (score: 3)
ttgtttttgcattttt CT-rich tract
tttttgcatttttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atacaactatccttatttccagctcaagcatttgtagaacaatgatgaagtgatgcaaacccaattgctgattgtttttgcattttttttccctatgtagAGCATGTTAAGTCTATTAAGATCCATGCATGTCTTGATTATCTTGGAAGAAGATGCTTCCTTCCTCCGATATGGTTACTTGTCACCCGACAATGCTGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - ctcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -agaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgat