Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agttgttgtactctgccttgttacattggcctttttctttatatatgattcttcatgaaattattgccttgtcttttgaaccttatcttttgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATAAAGATGGGAAGCTCATTGGCACCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g03520.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G46390.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
agttgttgtactctgccttgttacattggcctttttctttatatatgattcttcatgaaat----tattgccttgtcttttga--accttatcttttgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATAAAGATGGGAAGCTCATTGGCACCCAG
   |    || ||||  ||||    |  |   ||  | ||| | | ||      |  |||      |  |  || ||||||||   ||  |  || | |  ||||||||   |||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || || 
---tacatta-tctgatttgtggt-tgagttattaacattaaagaagaaaacaaagaaaaaaccaaaaggatttatcttttgattgccccaatttgtctgttgcaGTTACCAATGACTATGATTATGTATTTTCTGAGAATGGTCTTGTGGCTCACAAGGAAGGAAAGCTCATTGGAACTCA-

upper sequence: Vv15s0046g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G39800.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
agttgttgtactctgccttgttacattggcctttttctttatatatgattcttcatgaaattatt----gccttgtcttttga--accttatcttttgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATAAAGATGGGAAGCTCATTGGCACCCAG
        |  ||||  ||||   ||  |   |   | ||| | | ||      |  ||   |      |  || ||||||||   ||     |||| |  ||||||||   |||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || |||
-----acattatctgatttgtgg-atgagttatcaacattaaagaagaaaacaaagaaagaaacaaaaggatttatcttttgattgcccctatttttttattgcagTTACCAATGAGTATGATTACGTATTTTCTGAGAATGGTCTTGTGGCTCACAAGGAAGGAAAGCTCATTGGAACTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351037054|gb|FQ465046.1|FQ465046
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|30255051|gb|CB971498.1|CB971498
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110701264|gb|EE078642.1|EE078642
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351014077|gb|FQ434229.1|FQ434229
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351029490|gb|FQ436884.1|FQ436884
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110722626|gb|EE099031.1|EE099031
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110689404|gb|EE065600.1|EE065600
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|294966590|gb|GW837725.1|GW837725
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351052425|gb|FQ452458.1|FQ452458
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110369745|gb|EC933913.1|EC933913
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|30323265|gb|CD006527.1|CD006527
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|30296186|gb|CB972980.1|CB972980
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGACTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110374344|gb|EC939025.1|EC939025
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|349826399|gb|FQ417896.1|FQ417896
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|349822047|gb|FQ408376.1|FQ408376
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAGGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|30253357|gb|CB970908.1|CB970908
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351056098|gb|FQ453560.1|FQ453560
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|349808339|gb|FQ405483.1|FQ405483
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|30254481|gb|CB971226.1|CB971226
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|156736254|gb|EV240375.1|EV240375
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110388071|gb|EC952787.1|EC952787
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|161711444|gb|FC061209.1|FC061209
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|349824204|gb|FQ417591.1|FQ417591
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|37189632|gb|CF608981.1|CF608981
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAAAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351019470|gb|FQ429605.1|FQ429605
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|27579428|gb|CB002123.1|CB002123
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|27580564|gb|CB003259.1|CB003259
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351053383|gb|FQ455719.1|FQ455719
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|77584263|gb|DV221204.1|DV221204
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110708707|gb|EE086556.1|EE086556
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|351019263|gb|FQ429423.1|FQ429423
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|71867285|gb|DT016340.1|DT016340
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|349833445|gb|FQ420191.1|FQ420191
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|161717186|gb|FC064703.1|FC064703
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|33406828|gb|CF212455.1|CF212455
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|27579427|gb|CB002122.1|CB002122
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110400084|gb|EC966626.1|EC966626
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|33410547|gb|CF216174.1|CF216174
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
EST: gi|110707835|gb|EE084684.1|EE084684
EST:     TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAG                         TTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA
genomic: TGTTGGAGGATCTGACCTTGTTAAGATATCAGAGCAGCTTGGAAGTTCAGgtttgttcct ... tgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattcttcatgaaattattgccttgtcttttgaaccttatcttttgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATAAAGATGGGAAGCTCATTGGCACCCAG
                                   ccttatcttttgtt  CT-rich tract
      ttcatgaaattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agttgttgtactctgccttgttacattggcctttttctttatatatgattcttcatgaaattattgccttgtcttttgaaccttatcttttgttgtgcagTTATTGATGACTATGATTATGTATTTTCCGAAAATGGTCTAGTGGCTCATAAAGATGGGAAGCTCATTGGCACCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - ctctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcatg