1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gttgtatttcaaaaatgatggattagtttgaatatctagaatttttccttgtagttgattcataatatagtttttacttgcttttgtttggtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTGGATGGATTTCACCCATTGAACATCGGTCGGCTTGCCATGCGAGGCAGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0046g03400.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGATGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCT CATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAACATTGAGAAAGATGTGEST: gi|30299501|gb|CB976295.1|CB976295
genomic: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCTgtatgcttcg ... gtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTG
EST: ATGATGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCT CATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAACATTGAGAAAGATGTGEST: gi|110384578|gb|EC949025.1|EC949025
genomic: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCTgtatgcttcg ... gtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTG
EST: ATGATGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCT CATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAACATTGAGAAAGATGTGEST: gi|110416496|gb|EC982482.1|EC982482
genomic: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCTgtatgcttcg ... gtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTG
EST: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCT CATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTGEST: gi|110711069|gb|EE087207.1|EE087207
genomic: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCTgtatgcttcg ... gtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTG
EST: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCT CATATGAATGAACANAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTG
genomic: ATGACGATCCTGAAGTTCATGGCATCCTTGTTCAATTGCCTTTACCTTCTgtatgcttcg ... gtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTG
tccttgtagttgattcataatatagtttttacttgcttttgtttggtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTGGATGGATTTCACCCATTGAACATCGGTCGGCTTGCCATGCGAGGCAGAG
agttgat putative branch site (score: 5)
tttttgc putative PPT
ttgattcataatatag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtatttcaaaaatgatggattagtttgaatatctagaatttttccttgtagttgattcataatatagtttttacttgcttttgtttggtttttgcagCATATGAATGAGCAGAACATCTTAAATGCTGTTAGCATTGAGAAAGATGTGGATGGATTTCACCCATTGAACATCGGTCGGCTTGCCATGCGAGGCAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - -caaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttccttg