1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...taggctgctcgatagggccctttattattaatttttttagagttcagtaccatctagagattgtttagtaatgcttgagctatgatgattttgtatgtagATTATTTCCGCTTAGTGAAACATCTTTATTTCGAAGTGAGACACAACGAGAAGAAAATGTTTTGGTAACCTCAAGCTGTGACCACTCCATTCGTCTATGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0108g00070.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
agtaccatctagagattgtttagtaatgcttgagctatgatgattttgtatgtagATTATTTCCGCTTAGTGAAACATCTTTATTTCGAAGTGAGACACAACGAGAAGAAAATGTTTTGGTAACCTCAAGCTGTGACCACTCCATTCGTCTATGG
tttagtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taggctgctcgatagggccctttattattaatttttttagagttcagtaccatctagagattgtttagtaatgcttgagctatgatgattttgtatgtagATTATTTCCGCTTAGTGAAACATCTTTATTTCGAAGTGAGACACAACGAGAAGAAAATGTTTTGGTAACCTCAAGCTGTGACCACTCCATTCGTCTATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
-aggctgc
- - - - - - - - gcccttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctatga