1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctttgtactgtgagatggcttgacaaattgaagtatggcttcttgttcttacatgttcagtgcaaaatttaaatggtttccttgtgttctctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATTGGAGGAAGAACTGGTGGGCTGAGTGTATGTCTGTCTAATACAGATGGCG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0081g00620.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCATCTCTTCGCCAGCCAGCCACCATCAGGAGGGCAATGTTGCATATGAG GGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATTEST: gi|26264753|gb|CA815816.1|CA815816
genomic: GCATCTCTTCGCCAGCCAGCCA-CATCAGGA-GGCAATGTTGCATATGAGgtgaaaactt ... ctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATT
EST: ATGCATCTCTTCGCCAGCCAGCCACATCAGGAGGCAATGTTGCATATGAG GGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATTEST: gi|110358449|gb|EC922670.1|EC922670
genomic: ATGCATCTCTTCGCCAGCCAGCCACATCAGGAGGCAATGTTGCATATGAGgtgaaaactt ... ctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATT
EST: CAGCCAGCCACATCAGGAGGCAATGTTGCATATGAG GGACGGTATGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATTEST: gi|110375770|gb|EC940787.1|EC940787
genomic: CAGCCAGCCACATCAGGAGGCAATGTTGCATATGAGgtgaaaactt ... ctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATT
EST: ATGCATCTCTTCGCCAGCCAGCCACATCAGGAGGCAATGTTGCATATGAG GGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACCGGATCTTATGTCCGTACTGAGATT
genomic: ATGCATCTCTTCGCCAGCCAGCCACATCAGGAGGCAATGTTGCATATGAGgtgaaaactt ... ctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATT
ttcttacatgttcagtgcaaaatttaaatggtttccttgtgttctctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATTGGAGGAAGAACTGGTGGGCTGAGTGTATGTCTGTCTAATACAGATGGCG
tttccttgtgttctct CT-rich tract
aaaatttaaatggttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttgtactgtgagatggcttgacaaattgaagtatggcttcttgttcttacatgttcagtgcaaaatttaaatggtttccttgtgttctctgattttagGGACGGTTTGAAATCCTTTCACTCACTGGATCTTATGTCCGTACTGAGATTGGAGGAAGAACTGGTGGGCTGAGTGTATGTCTGTCTAATACAGATGGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - -tggcttg
- - - - - - - - - - - - aaattga
- - - - - - - - - - - - - - - - -tatggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaaatt